「個人事業主は法人と違って調査が来ないと思っていた」「家賃や通信費の按分根拠を聞かれたら説明できない」——個人事業主への税務調査は、規模が小さいからといって免除されるものではありません。現金商売・副業収入・経費率の乖離など、特定の条件が重なると調査リスクは法人並みに高まります。

「個人事業主は来ない」は誤解——税務調査の実態と選ばれやすい事業者の特徴

調査の頻度と対象になりやすいケース

国税庁の統計によると、個人事業主（個人の所得税調査）の実地調査件数は年間約40〜50万件程度で推移しています。単純計算すると、すべての個人事業主が毎年調査を受けるわけではありませんが、リスクの高い事業者については繰り返し調査が入る傾向があります。

個人事業主の中でも特に調査対象となりやすいのは、以下のような特徴を持つ方です。

調査の間隔については、問題がなければ5〜10年に一度程度というのが一般的な感覚です。ただし、過去に修正申告歴がある場合や、特定の業種については調査頻度が高まります。

調査の流れ：事前通知から終了まで

個人事業主への税務調査の基本的な流れは法人とほぼ同じですが、調査の舞台が「事務所や自宅」になるという点が異なります。

Step 1：事前通知（電話）
税務署の担当者から電話で連絡があります。通知内容は「調査の対象となる税目（所得税・消費税など）」「調査対象となる年分」「調査日の候補日程」です。事前通知なしで突然来ることは、特別な事情がない限りありません。

Step 2：事前準備（1〜2週間）
顧問税理士に連絡し、対象年分の申告内容を確認します。帳簿・通帳・領収書などを整理します。

Step 3：実地調査（1〜2日）
調査官が事務所や自宅を訪問します。帳簿の確認・現金・通帳の照合・領収書の実在確認が行われます。

Step 4：調査結果の連絡
問題がなければ是認。指摘事項があれば修正申告の勧奨があります。

指摘されると最も追徴が大きい科目はどれか——個人事業主が指摘を受けやすい5つの項目

プライベートと事業の経費混入

個人事業主の税務調査で最も多い指摘が、プライベートな支出を事業経費に計上しているケースです。

特に注意が必要な科目は以下の通りです。

自動車関連費用（ガソリン代・車検・保険）
事業とプライベートで兼用している車の場合、事業使用割合を合理的な根拠で按分する必要があります。走行記録（移動目的・行先の記録）がなければ、事業割合を否認される可能性があります。

通信費（スマートフォン・インターネット）
自宅兼事務所で使用している場合、事業使用割合に基づく按分が必要です。「全額経費」としている場合は指摘を受けやすいです。

接待交際費
知人との食事代を全額接待交際費に計上しているケース。業務目的の合理的な説明と相手方の記録が必要です。

家賃（自宅兼事務所）
自宅を事務所として使用している場合、面積割合や使用実態に基づく合理的な按分が求められます。

売上の計上漏れ

個人事業主の収入は、法人と比べて外部からの把握が難しいため、特に念入りに確認されます。

• 銀行口座への入金明細と申告売上の照合
• 現金売上の日報・レジ記録との照合
• クレジットカード・PayPay等のキャッシュレス決済の入金確認
• 請求書の発行件数と入金件数の突合

フリーランスの方でクラウドソーシングを利用している場合、プラットフォームからの支払調書が税務署に提出されています。申告漏れはすぐに発覚します。

青色申告特別控除の適用要件

青色申告の65万円控除を受けるためには、正規の簿記の原則による帳簿作成（複式簿記）と電子申告（e-Tax）または電子帳簿保存が必要です。簡易な現金主義の帳簿しか作成していないにもかかわらず65万円控除を適用している場合は否認されます。

リーパル会計事務所には元国税局OBが在籍しており、「リーパル税務調査119番」として事前通知から修正申告までを支援しています。税務調査は「受けてから慌てる」のではなく、「日常から逆算して備える」ものです。専門家への相談は費用ではなく、追徴課税・加算税というより大きなコストを未然に防ぐ投資となります。

来てから慌てても遅い——税務調査への事前対策と「来ても怖くない体制」の作り方

日常の経理管理で差がつく

税務調査への最大の対策は、日常の経理管理を適切に行うことです。具体的には以下の点を実践してください。

領収書・レシートの整理と保管
日付順・科目別に整理し、裏面に「購入目的・取引先」をメモしておくと調査時に説明しやすくなります。保存期間は7年間（青色申告の場合）です。

事業用とプライベート用の口座・カードの分離
事業用の銀行口座とクレジットカードを分けることで、経費の混入を防ぎ、帳簿の信頼性が高まります。

売上の網羅的な記録
現金売上がある場合は、日々のレジ集計や売上日報を必ず作成してください。

クラウド会計ソフトの活用
freeeやMFクラウドを使えば、銀行口座・クレジットカードの明細が自動取込され、帳簿の精度と検索性が大幅に向上します。リーパル会計事務所はfreee・MFクラウド両方の認定アドバイザーとして、個人事業主への導入支援を多数行っています。

按分根拠の文書化

事業とプライベートを兼用している費用については、按分根拠を文書化しておくことが重要です。

当日に何を言えばいいか——税務調査当日の対応ポイントと注意すべき発言

落ち着いて対応するための準備

調査当日に慌てないよう、以下を事前に準備しておきましょう。

• 対象年分の確定申告書のコピー
• 帳簿（総勘定元帳・現金出納帳）
• 通帳・銀行明細（全口座分）
• 売上に関する請求書・領収書・契約書
• 経費に関する領収書・レシート（年度別・科目別に整理）
• 固定資産台帳（設備投資がある場合）

顧問税理士を同席させる

税理士を同席させることで、税務判断が必要な質問への対応を任せることができます。調査の流れをコントロールしやすくなり、不必要な争点が生まれることを防げます。

調査当日に初めて連絡する税理士では十分な準備ができません。普段から顧問税理士と関係を構築しておくことが重要です。

「事前通知が来てしまった」「修正申告に応じるべきか分からない」など、調査が動き出してからの判断は時間との勝負です。リーパル会計事務所では元国税局OB協働の調査立会・スポット支援も承っています。

よくある質問（FAQ）

Q1. 副業収入があっても税務調査は来ますか？

来る可能性があります。特にYouTube・ネット物販・クラウドソーシングなど、プラットフォームから税務署に支払い情報が提供される副業については、申告漏れがあれば調査対象になります。年間20万円超の副業収入は確定申告が必要です。

Q2. 無申告の場合、税務調査はどうなりますか？

無申告は最も調査対象になりやすい状態です。無申告加算税（15〜20%）に加え、延滞税も課されます。自主的に申告すれば無申告加算税が軽減される場合があります。気づいた時点で速やかに申告することを推奨します。

Q3. 調査官が帳簿を見せるよう求めました。断れますか？

任意調査への協力は義務ではありませんが、正当な理由なく拒否した場合は調査妨害とみなされ、不利な判断が下される可能性があります。まずは顧問税理士に相談し、対応方針を決めてください。

Q4. 家族への給与は認められますか？

青色申告を行っている場合、青色事業専従者給与として家族への給与を経費にできます。ただし「実際に事業に従事していること」が要件です。実態のない家族給与は否認されます。

Q5. 調査結果に納得できない場合はどうすればよいですか？

異議申立て・審査請求・税務訴訟という不服申立て制度があります。調査結果に不満がある場合は、まず顧問税理士に相談し、法的な対抗手段を検討してください。

まとめ：個人事業主こそ経理管理の徹底が重要

個人事業主への税務調査は、規模が小さければ来ないというものではありません。むしろ現金商売や経費の割合が高い業種ほど調査リスクは高まります。

最大の対策は、日々の経理を適切に行い、証拠書類をしっかり保管することです。プライベートと事業の経費をきちんと分離し、売上の全額を漏れなく記録する習慣が税務調査への耐性を高めます。

個人事業主の税務調査で指摘が集中するのは「按分根拠のない経費」と「売上の網羅性」の2点です。freee・MFクラウドを活用して日々の記録を自動化し、按分根拠を帳簿上に残しておくだけで、調査が入っても短時間で終わる体制が作れます。

リーパル会計事務所では、freee・MFクラウドの経理体制構築から税務調査の事前準備・立会まで、個人事業主に特化したサポートを提供しています。

経理体制を一度正しく整備してしまえば、税務調査が来るたびに「準備できていない」と慌て続けない理由はほとんどありません。判断に迷う場合はリーパル会計事務所までご相談ください。

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• 税務調査の事前通知が来たらどうする？

参考資料

• 国税庁・税務調査の現状

監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、税務調査対応・修正申告・元国税局OB協働を専門とする。

最終更新日: 2026年5月2日