「インボイス制度のことを断片的にしか把握できていない」「自社が今後どう動けばいいのか、整理しきれていない」。制度開始から年数が経った今でも、リーパル会計事務所には「もう一度全体像から整理し直したい」という相談が寄せられます。2割特例の終了（2026年9月30日を含む課税期間まで）を控え、登録済み事業者は本則課税／簡易課税への移行を、未登録事業者は登録するか否かの最終決断を迫られる局面です。

本記事では、インボイス制度（適格請求書等保存方式）の仕組みを「売り手側の対応」「買い手側の対応」「経過措置」の3軸で整理し、業種・年商・取引先構成別の対応方針を提示する完全ガイドとして構成しました。すでに走り出している事業者の方も、これから登録判断する事業者の方も、自社の現状チェックリストとして使える内容です。

インボイス制度とは何か——「適格請求書」が必要になった理由から理解する

制度導入の背景と目的

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2023年10月1日から開始した消費税の仕入税額控除に関するルールです。導入の主な目的は「消費税の計算の透明性・正確性の向上」と「益税の解消」にあります。

それ以前の「区分記載請求書等保存方式」では、請求書に登録番号等の記載義務がなく、誰が発行した請求書でも仕入税額控除の対象になっていました。インボイス制度ではこれを改め、国に登録した事業者（適格請求書発行事業者）が発行した「適格請求書（インボイス）」のみを仕入税額控除の根拠とする仕組みに変わりました。

適格請求書の必須記載事項

インボイスとして認められる請求書には、以下の6項目の記載が必要です。

これらの記載が一つでも欠けると、受け取った側は仕入税額控除の適用ができなくなります。

登録事業者と未登録事業者の違い

登録済みか・未登録かで天と地の差——インボイス制度が事業者に与える5つの影響

免税事業者（未登録）への影響

基準期間（2期前）の課税売上高が1,000万円以下の免税事業者がインボイスに登録しない場合、取引先（課税事業者）が支払う消費税部分について仕入税額控除を受けられなくなります。

経過措置は令和8年度の税制改正で見直されました。80%控除は令和8年10月以降70%、令和10年10月以降50%、令和12年10月以降30%、令和13年10月以降0%へと縮小されます。1つの仕入先あたりの上限も、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から10億円が1億円になりました。この影響を背景に、取引先から「値引き」「登録」「取引打ち切り」を求められるケースが増えています。

課税事業者（登録済み）への影響

課税事業者はインボイス登録を行えば、今後も変わらず適格請求書を発行できます。ただし、取引先の仕入れ先（外注先・仕入業者）がインボイス未登録の場合、仕入税額控除に影響が出ます。特に外注費の比重が高い建設業・IT業・クリエイター業では、外注先のインボイス登録状況の確認が実務上の課題になっています。

規模・業種別の影響まとめ

インボイス制度への対応は、売り手側と買い手側で論点がまったく違います。売り手側は「登録するか／登録しないか」「請求書フォーマットの整備」「区分記載」が論点。買い手側は「仕入先のインボイス対応状況の確認」「経過措置（80%・70%・50%・30%）の活用」「免税仕入の処理」が論点。リーパル会計事務所では、両方の役割を持つ事業者（買って売る商流）に対しては、売り手側・買い手側の両論点を1枚で見渡せる対応マップを使ってサポートしています。

2割特例が終わる前にやるべきことは何か——インボイス制度への実務的な対応手順

請求書フォーマットの更新

登録事業者は、発行する請求書・領収書に登録番号（T＋13桁）を記載する必要があります。freeeやMFクラウド等の会計ソフトでは、設定画面で登録番号を入力すると自動で記載されます。手作りのExcel請求書を使っている場合は、テンプレートに登録番号欄を追加してください。

受け取った請求書のチェック体制

取引先から受け取った請求書がインボイス（適格請求書）として有効かどうかを確認するチェックポイントは以下のとおりです。

• 登録番号（T＋13桁）が記載されているか
• 国税庁の公表サイトで登録番号が有効か確認できるか
• 税率ごとの消費税額が記載されているか
• 発行日と取引内容が記載されているか

インボイスとして不備のある書類で仕入税額控除を受けると、税務調査で指摘されるリスクがあります。

2割特例の活用と終了への備え

インボイス登録により免税事業者から転換した事業者は、2026年9月30日を含む課税期間まで「2割特例」を使えます（個人事業主は2026年分まで）。売上消費税の20%のみ納付すれば足りるため、税負担を大幅に抑えながら登録のメリットを享受できます。

ただし特例終了後は通常の原則課税または簡易課税に移行するため（個人事業主は、要件を満たせば2027年分・2028年分に3割特例も選べます）、今から簡易課税の届出書を準備しておくことを強くおすすめします。個人事業主は2026年12月31日までに届出書を提出することで、2027年から簡易課税を適用できます。

「自社のケースで原則課税と簡易課税のどちらが有利か」「届出を出すタイミング」など、個別の判断は数字を見ないと結論が出ません。判断に迷う部分があれば、リーパル会計事務所に直接ご相談いただくのが最短です。

よくある質問

Q1. 自分が登録事業者かどうかはどうすれば確認できますか？

国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで登録番号または事業者名を検索することで確認できます。

Q2. 取引先が登録しているかどうかを確認しなければなりませんか？

仕入税額控除を受けるためには、取引先がインボイス登録事業者であることを確認し、その登録番号が記載された適格請求書を保存する必要があります。公表サイトで番号の有効性を確認することを推奨します。

Q3. インボイスの保存はどのくらいの期間が必要ですか？

受け取ったインボイスは7年間の保存が義務付けられています。紙での保存のほか、電子データでの保存も認められています（電子帳簿保存法の要件を満たす場合）。

Q4. 少額の取引でもインボイスが必要ですか？

1万円未満の少額取引については、一定の要件を満たす場合に「少額特例」としてインボイスなしでも仕入税額控除が認められます（基準期間の課税売上高が1億円以下の事業者対象、2029年9月30日まで）。

Q5. 電子インボイス（電子請求書）は認められますか？

はい、電磁的記録（PDF等）による電子インボイスも認められています。メールで受け取ったPDF請求書を電子データのまま保存することも可能です（電子帳簿保存法の要件に従った保存が必要）。

まとめ

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除の仕組みを大きく変えた制度です。登録事業者か未登録かによって取引上の影響が異なり、2割特例の終了（2026年9月30日を含む課税期間まで）に向けた対応策の検討も急務です。請求書フォーマットの更新・仕入先の登録確認・簡易課税への移行準備の3点を早急に進めてください。

インボイス制度は、登録の有無だけでなく、請求書フォーマット・経過措置の活用・記帳ルール・取引先との価格交渉まで、複数の論点が連動して影響します。「制度全体を把握したつもりだが、自社の運用が現状で正しいのか分からない」状態の事業者の方は、リーパル会計事務所までご相談ください。

自社の取引先構成と経理運用を一度整理してしまえば、毎年のインボイス対応で迷い続けない理由はほとんどありません。判断に迷う場合はリーパル会計事務所までご相談ください。

参考資料

• 公表サイト

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、インボイス制度・消費税実務を専門とする。

最終更新日: 2026年10月10日