「税務調査の事前通知が来たが、何を準備すればいいかわからない」「帳簿は一応あるが、指摘を受けるほどの管理ができているか不安」——税務調査への不安の多くは、日常の経理管理が調査官の視点と合っているかどうかが把握できていないことから来ています。調査官が何を確認し、どう判断するかを事前に知っておくことで、準備の方向性が明確になります。

税務調査の基本的な流れを理解する

税務調査の種類と対象選定の仕組み

法人に対する税務調査は、大きく「任意調査」と「強制調査（査察）」の2種類に分かれます。通常の税務調査は任意調査であり、税務署の職員が事前通知を行ったうえで会社を訪問します。一方、強制調査は国税局査察部（マルサ）が令状をもって踏み込む調査で、大規模な脱税が疑われる場合に限られます。

調査対象となる法人の選定は、以下の要素を組み合わせたリスク分析によって行われています。

元国税局OBの経験から言えば、「申告内容が整合していて、帳簿書類がしっかり整備されている法人は、調査が入っても短時間で終わる」のが実態です。つまり、普段からの経理の質が調査への耐性を決定します。

事前通知から調査終了までのスケジュール

税務調査の標準的なスケジュールは以下の通りです。

事前準備：調査前に整えておくべき書類と体制

帳簿書類の整理と保管

税務調査において最初に確認されるのが帳簿書類です。法人税法上、帳簿書類の保存期間は原則として7年間（欠損金がある場合は10年間）と定められています。以下の書類が即座に提出できる状態であることが重要です。

• 総勘定元帳・仕訳帳
• 現金出納帳・預金通帳
• 売上台帳・請求書・領収書（受取・発行分）
• 仕入帳・経費に関する契約書・領収書
• 源泉徴収簿・給与台帳
• 議事録（株主総会・取締役会）
• 固定資産台帳

書類が整っていないと、それ自体が「管理が杜撰な法人」という印象を与え、調査が長期化する原因になります。freee・MFクラウドなどのクラウド会計ソフトを活用していれば、証憑（しょうひょう）のデジタル保管が容易になり、書類の検索性も向上します。

顧問税理士との事前打ち合わせ

事前通知を受けたら、すぐに顧問税理士に連絡してください。税理士は調査の立会人として同席する権利があり、調査官への対応を適切に誘導できます。打ち合わせでは以下の点を確認します。

• 調査対象年度の申告内容の再確認
• 過去の修正申告歴や税務リスクの有無
• 質問に対する回答方針の統一
• 当日の来社スタッフの役割分担

リーパル会計事務所の「リーパル税務調査119番」では、元国税局OBが調査官の思考プロセスを理解したうえで事前準備を支援しています。調査官が何を確認したいのかを先読みして対応できることが、最大の強みです。

リーパル会計事務所には元国税局OBが在籍しており、「リーパル税務調査119番」として事前通知から修正申告までを支援しています。税務調査は「受けてから慌てる」のではなく、「日常から逆算して備える」ものです。専門家への相談は費用ではなく、追徴課税・加算税というより大きなコストを未然に防ぐ投資となります。

当日の対応：調査官への正しい対応方法

基本姿勢：正直かつ過剰な説明を避ける

調査当日の基本姿勢は「聞かれたことに正直に答える、しかし聞かれていないことは自分から話さない」です。過剰な説明や余計な情報提供が、新たな調査ポイントを生み出すリスクがあります。

調査官は経験豊富なプロフェッショナルです。緊張から必要以上に饒舌になると、本来問題にならない事項まで掘り起こされる可能性があります。「わかりません」「確認して回答します」という応答は正当であり、その場での即答を強要されることはありません。

調査の場所と参加者

調査は原則として会社の会議室で行います。調査官の要求に応じて、以下の対応が必要になることがあります。

• 請求書・領収書の原本提示
• 銀行口座の通帳・取引明細の提出
• 特定の取引に関する説明
• 役員・従業員へのヒアリング

顧問税理士が同席している場合、税務上の判断が必要な質問は税理士が回答できます。社長や経理担当者が直接答えるべき事実関係の質問と、税務判断の質問を適切に振り分けることが重要です。

指摘を受けやすいポイント：重点確認項目と対策

売上の計上漏れ・期ずれ

調査官が最も重視するのが売上の網羅性です。特に以下のケースは指摘を受けやすい傾向があります。

• 3月決算法人の場合、3月末納品・4月請求という取引が3月売上に計上されているか
• 現金売上の一部が計上されていないケース（特に飲食・小売業）
• 割戻しや値引きを売上から直接控除している処理

対策として、売上の計上基準（出荷基準・検収基準・役務完了基準）を明文化し、一貫して適用することが重要です。決算時には売上の期ずれチェックリストを作成し、必ず確認する習慣をつけてください。

架空経費・私的経費の計上

架空経費とは、実際には発生していない経費を帳簿に計上することです。私的経費とは、社長や役員の個人的な支出を法人経費に混入させることです。

調査官は以下の観点から経費の実在性を確認します。

• 領収書の相手方（宛名・住所・電話番号）の実在確認
• 経費の業務関連性（なぜその支出が事業に必要か）
• 交際費の相手方・目的の合理性
• 役員・親族への給与の実態（実際に業務に従事しているか）

交際費・役員報酬の確認

交際費は調査官の注目度が高い勘定科目です。飲食代・接待代については、相手方の氏名・会社名・目的を記録した「交際費明細表」を作成しておくことを強く推奨します。

役員報酬については、定期同額給与のルールが守られているか、期中変更がある場合はその理由が正当かどうかを確認されます。

調査後の対応：是認・修正申告・更正

「是認」の場合

調査の結果、申告内容に問題がなかった場合は「是認」となります。是認通知書は交付されませんが、調査官から口頭で「是認です」と伝えられます。この場合、追加の手続きは不要です。

修正申告を求められた場合

指摘事項がある場合、税務署から修正申告を勧奨されます。修正申告は自主的に行うものですので、内容に納得できない場合は断ることも可能です。しかし、合理的な理由がない限り、修正申告に応じるほうが過少申告加算税の税率が低くなるケースが多いです。

修正申告と更正の主な違いは以下の通りです。

「事前通知が来てしまった」「修正申告に応じるべきか分からない」など、調査が動き出してからの判断は時間との勝負です。リーパル会計事務所では元国税局OB協働の調査立会・スポット支援も承っています。

よくある質問（FAQ）

Q1. 税務調査の事前通知は必ず来るのですか？

原則として任意調査では事前通知が行われます。ただし、証拠隠滅のおそれがある場合など、一定の要件のもとでは事前通知なしで調査が実施されることもあります（国税通則法第74条の10）。

Q2. 税理士がいない場合、税務調査はどう対応すればよいですか？

税理士なしでの対応は可能ですが、税務上の判断が必要な質問に対して正確に回答できないリスクがあります。調査通知を受けたらすぐに税理士に相談することを強く推奨します。リーパル会計事務所では調査立会のみのスポット対応も承っています。

Q3. 調査官が資料の持ち帰りを求めた場合、断れますか？

任意調査では資料の提出も任意です。ただし、調査への協力義務はあります。持ち帰りを認める場合は必ずコピーを手元に残し、「資料借用書」の交付を求めてください。

Q4. 税務調査中に新しい税理士に変更できますか？

可能です。調査中であっても顧問税理士を変更する権利があります。ただし、調査の継続性を考えると、引継ぎが適切に行われることが重要です。

Q5. 修正申告をすると次の調査が早まりますか？

修正申告の事実だけで次回調査が早まることは一般的ではありません。ただし、重大な申告漏れがあった場合や、同じ問題が繰り返された場合には調査頻度が高まる可能性があります。

まとめ：普段からの経理管理が最大の税務調査対策

税務調査は、正しい申告をしている法人にとっては確認作業に過ぎません。最大の対策は、日常の経理管理を適切に行い、証拠書類をきちんと保管しておくことです。

特に重要なのは以下の3点です。

1. 売上計上基準の一貫した適用と期ずれチェック
2. 交際費・役員報酬・外注費の実態整備と証拠書類の保管
3. 事前通知後すぐに顧問税理士へ連絡し、事前準備を徹底すること

リーパル会計事務所では、元国税局OBが在籍する「リーパル税務調査119番」として、税務調査の事前相談から当日立会、修正申告の対応まで一貫して支援しています。1,100社以上の関与実績をもとに、調査官の視点を理解した実践的なアドバイスを提供します。

税務調査に不安を感じている方は、お気軽にご相談ください。

税務調査で是認（問題なし）で終わる法人の共通点は「帳簿が整っていること」ではなく「調査官の質問に対して証拠で答えられること」です。普段から記録を残す習慣がある法人は、調査が短時間で終わります。逆に、「書類が古い」「按分根拠がない」という状態は、それ自体が調査の長期化要因になります。

リーパル会計事務所では、元国税局OB在籍の「リーパル税務調査119番」として、事前通知を受けた段階から当日立会・修正申告対応まで一貫してサポートしています。

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参考資料

• 国税庁・税務調査の現状

監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、税務調査対応・修正申告・元国税局OB協働を専門とする。

最終更新日: 2026年5月2日