「免税事業者のままだと消費税分を請求できないと言われた」「取引先から登録番号の確認連絡がきた」。インボイス制度導入後、フリーランス・小規模事業者から最も多く寄せられている悩みです。結論から言えば、免税事業者でも消費税分を請求すること自体は法律上禁じられていません。問題は、取引先の仕入税額控除が経過措置の段階的縮小で減るため、価格交渉や取引継続に影響が出る点にあります。

本記事では、リーパル会計事務所が個人事業主・フリーランス向けに整理している「免税事業者のまま続ける場合の対応マニュアル」をベースに、消費税転嫁の法的根拠、経過措置による控除可能額の変化、価格交渉の選択肢、再登録のタイミングまで解説します。「登録すべきかどうか」を冷静に判断するための材料を、実例ベースで提示します。

「免税事業者は消費税を請求できない」は本当か——法的根拠と実務上の注意点

消費税の転嫁と納税義務の分離

消費税の仕組みを理解する上で重要なのは、「消費税を請求する権利（転嫁）」と「消費税を国に納める義務（納税）」は別の話だということです。

消費税法上、消費税の納税義務者は課税事業者です。免税事業者は消費税の申告・納付義務を免除されていますが、それは「消費税相当額を取引価格に含めて請求してはならない」という意味ではありません。消費税相当額を含む対価を受け取ること自体は、法律上禁止されていません。

これは「益税」と呼ばれる問題として議論されてきたテーマですが、現行法上は免税事業者が消費税相当額を含む請求書を発行することは適法です。

インボイス制度で変わったこと

インボイス制度（2023年10月〜）の開始前は、免税事業者からの仕入れでも買い手が仕入税額控除を受けることができました。しかし、インボイス制度開始後は、登録事業者（適格請求書発行事業者）以外が発行した請求書では、原則として仕入税額控除ができなくなりました。

この変化が免税事業者の取引に与えた実務上の影響は非常に大きく、「消費税を請求しても取引先が控除できない」という問題が生じています。

インボイス導入後に免税事業者が直面している3つの実務トラブル

取引先への影響と「控除できない消費税」

課税事業者（買い手）が免税事業者（売り手）に対して消費税込みで代金を支払っても、その消費税部分について仕入税額控除を受けることができません。経過措置として一定割合の控除が認められていますが、その割合は2026年9月30日までの80%から、10月1日以降は70%に下がっており、控除できない部分は自己負担となります。

この状況を踏まえると、課税事業者の取引先にとっては「免税事業者への支払いの消費税部分はコスト増」という認識が広がっています。

免税事業者に起こりがちなトラブル3パターン

パターン1: 消費税込みで請求したら値引きを求められた

「消費税分（10%）を引いてほしい」「税抜金額にしてほしい」という要求です。取引先の立場からすると、控除できない消費税を負担することへの不満が背景にあります。

パターン2: インボイス登録番号を記載した請求書を求められた

登録していない場合は「適格請求書の発行ができない旨」を正直に伝える必要があります。嘘をついて登録番号を記載したり、他人の番号を使ったりすると法律違反です。

パターン3: 新規取引ができなくなった

インボイス対応の取引先のみと取引する方針をとる企業から、新規取引を断られるケースがあります。特に大企業との取引ではこの傾向が顕著です。

値引き要求への正しい対応

取引先から「消費税分を値引いてほしい」と言われた場合の対応は、以下の3択です。

• 値引きに応じる: 消費税相当額を差し引いた金額で取引を継続する
• 値引きを断る: 商品・サービスの価値を主張して断る（取引継続可否は取引先次第）
• インボイス登録をする: 課税事業者になって適格請求書を発行できるようにする

一方的な値引き要求は、独占禁止法（優越的地位の濫用）の観点から問題になる場合もあるため、取引先が大企業の場合は中小企業庁や公正取引委員会の相談窓口を利用することも選択肢の一つです。

免税事業者のまま続けるか、課税事業者になるか——この選択は「取引先構成」と「仕事の代替可能性」で決まります。BtoBで大手企業との取引が中心なら登録の圧力が強く、BtoCや小規模事業者との取引が中心なら免税のメリットが残りやすい。リーパル会計事務所では、取引先別の売上構成と価格交渉の余地を踏まえて、登録／非登録の損得勘定を3年スパンで提示しています。「言われるがまま登録した」が一番リスクの高い選択です。

登録するか・しないか——免税事業者の判断基準（2割特例・3割特例の期限も踏まえて）

登録すべきか・しないでいいかの判断フレーム

インボイス登録の要否は、以下の観点から総合的に判断します。

免税のまま取引継続できるケース

以下のような状況では、インボイス未登録のまま事業を継続することが合理的な選択肢になります。

• 売上の大半が消費者（個人）向けのサービス（例：ハンドメイド販売、個人向けレッスン等）
• 取引先がすべて免税事業者
• 売上規模が小さく、消費税を登録・納付するコスト（手間・税負担）が事業に過大な影響を与える

基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば免税事業者の選択肢が残り、課税事業者を選んだ場合でも、2割特例（個人事業主は2026年分まで）で消費税負担を売上税額の2割に抑えられます。個人事業主は、その後の2027年分・2028年分も、要件を満たせば3割特例を使えます。

請求書の記載はどう書けばよいか

免税事業者が請求書を発行する場合、消費税の請求方法については以下の2通りがあります。

方法1: 消費税を明記せず、税込金額のみ記載する
例）「役務提供料 110,000円（税込）」

方法2: 消費税相当額を内書きで記載する
例）「役務提供料 100,000円（消費税相当額 10,000円含む）」

どちらも適法ですが、取引先から「インボイスではない」ことが一見してわかるよう、登録番号を記載しないことが重要です。登録番号のない請求書は「適格請求書ではない」ことを明示していることになります。

「自社のケースで原則課税と簡易課税のどちらが有利か」「届出を出すタイミング」など、個別の判断は数字を見ないと結論が出ません。判断に迷う部分があれば、リーパル会計事務所に直接ご相談いただくのが最短です。

よくある質問

Q1. 免税事業者が消費税を「別途消費税」と記載して請求するのは問題ありますか？

法律上は問題ありません。ただし、取引先が課税事業者の場合、仕入税額控除ができない旨をあらかじめ伝えておくことがトラブル防止につながります。

Q2. インボイス未登録なのに登録番号を記載した請求書を発行したらどうなりますか？

適格請求書発行事業者でない者が適格請求書と紛らわしい書類を発行した場合、1年以下の懲役または50万円以下の罰金の対象となります（消費税法違反）。絶対に行わないでください。

Q3. 免税事業者のまま取引先に消費税を請求し続けることはできますか？

法的には可能ですが、経過措置の控除割合は段階的に下がり（2026年10月から70%、2028年10月から50%、2030年10月から30%）、経過措置が終わる2031年10月以降は、取引先が一切仕入税額控除を受けられなくなるため、取引継続に影響が出る可能性が高まります。

Q4. 消費者相手のネットショップは登録しなくてよいですか？

販売先が個人消費者のみであれば、インボイス登録の優先度は低いです。ただし、法人や事業者が購入するケースが一定数ある場合は、状況を見て判断してください。

Q5. インボイスを登録すると何かデメリットはありますか？

課税事業者になるため、消費税の申告・納付義務が生じます。2割特例（個人事業主は2026年分まで）や3割特例（個人事業主の2027年分・2028年分・要件あり）を使えば税負担は抑えられますが、特例終了後は通常の計算方法に切り替わります。

まとめ

免税事業者が消費税を請求すること自体は法律上問題ありませんが、インボイス制度の導入により取引先（課税事業者）が仕入税額控除を受けられないという実務上の問題が生じています。登録するかどうかは、取引先の属性・売上規模・税負担を総合的に勘案した上で判断することが重要です。

参考資料

• 国税庁：免税事業者と独占禁止法等の考え方（インボイス特設サイト）
• 公正取引委員会：免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A

免税事業者として活動を続ける選択は、十分に合理的なケースもあります。重要なのは「取引先からの圧力に流される」のではなく、「自社の取引構成と粗利率を踏まえて意思決定する」ことです。リーパル会計事務所では、フリーランス・個人事業主の方を対象に、登録判断のためのヒアリングシートをご用意しています。

取引先構成と年商水準が整理できれば、登録すべきかどうかの判断は短時間で結論が出ます。経過措置が段階的に縮小していく中で、判断を後回しにしない理由はほとんどありません。判断に迷う場合はリーパル会計事務所までご相談ください。

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、インボイス制度・消費税実務を専門とする。

最終更新日: 2026年10月10日