「インボイス登録時の2割特例はいつまで使えるのか」「特例が終了したあと、税負担はどれくらい増えるのか」。インボイス登録をきっかけに課税事業者になった事業者の多くが、いま最も気にしている論点です。2割特例は売上税額の2割で消費税を納める簡便措置で、令和8年9月30日を含む課税期間まで適用できます。終了後は本則課税または簡易課税に移行し、納税額が増えることは避けられません。

本記事では、リーパル会計事務所が顧問先のフリーランス・個人事業主向けに作成している「2割特例終了後の納税額シミュレーション」のロジックを公開します。本則課税・簡易課税・2割特例の3パターンで、年商500万円〜1,500万円のレンジでの納税額の差を試算し、移行先の選び方を提示します。

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2割特例とは何か——これまで受けてきた恩恵を数字で確認する

2割特例とは何か

2割特例（正式名称：インボイス発行事業者の激変緩和措置）は、インボイス制度の開始（2023年10月1日）を機に免税事業者から課税事業者に転換した事業者が、消費税の申告・納付時に受けられる特別措置です。

通常の消費税計算では、売上に係る消費税から仕入れ・経費の消費税（仕入税額控除）を差し引いて納付額を算出します。しかし2割特例では、売上に係る消費税の20%のみを納付すれば足りるという非常に有利な計算方式が認められています。

計算式： 納付消費税 ＝ 売上に係る消費税額 × 20%

たとえば、年間課税売上高が1,000万円（税抜）の個人事業主の場合：

• 売上消費税: 1,000万円 × 10% ＝ 100万円
• 2割特例による納付税額: 100万円 × 20% ＝ 20万円

一般課税での実際の仕入税額控除が20万円未満であれば、2割特例の方が有利です。

適用対象と適用期間

注意点として、適用期間は「2026年9月30日の属する課税期間まで」です。個人事業主は課税期間が暦年（1月〜12月）なので、2026年分の申告（2026年1月〜12月）が最後の適用対象年分となります。法人は決算期によって最後の適用課税期間が変わります。

2割特例が終わると税負担はいくら増えるか——3パターン試算で比較する

2割特例終了後に取りうる選択肢

2割特例が終了した後は、以下のいずれかの計算方法で消費税を申告・納付することになります。

3割特例（令和8年度税制改正で新設・個人事業者限定）：基準期間の課税売上高が1,000万円以下の個人事業者は、令和9年・令和10年の課税期間に限り、納付税額を売上税額の3割で計算できます（法人は対象外）。

税負担の変化シミュレーション

年間課税売上高800万円（税抜）、実際の課税仕入れに係る消費税が30万円のサービス業（第5種・みなし仕入率50%）の事業者の場合：

2割特例適用時

• 納付税額: 800万円 × 10% × 20% ＝ 16万円

2割特例終了後・3割特例（個人事業者・令和9〜10年限定）

• 売上消費税: 800万円 × 10% ＝ 80万円
• 納付税額: 80万円 × 30% ＝ 24万円

2割特例終了後・簡易課税（第5種・50%）

• 売上消費税: 800万円 × 10% ＝ 80万円
• みなし仕入税額控除: 80万円 × 50% ＝ 40万円
• 納付税額: 80万円 − 40万円 ＝ 40万円

2割特例終了後・原則課税

• 売上消費税: 80万円
• 実際の仕入税額控除: 30万円
• 納付税額: 80万円 − 30万円 ＝ 50万円

このケースでは、2割特例終了後は「簡易課税」が最も税負担が軽くなります。ただし業種・売上規模・実際の仕入れ額によって結果は異なります。

税負担増加への資金対策

2割特例適用時は納付税額が抑えられていたため、特例終了後に税負担が2〜3倍になるケースも珍しくありません。特例終了前から以下の対策をとることを推奨します。

• 毎月の売上から概算で消費税を積み立てる（売上の5〜8%程度を目安に別口座へ）
• 簡易課税への移行を届出期限内に手続きする
• 原価率・外注費の水準を確認し、原則課税が有利かどうか試算する

2割特例から本則課税・簡易課税への移行は、早めに方針を決めておくのが安全です。届出のタイミングを誤ると、本来選べたはずの簡易課税が選択できず、本則課税で経理負担が一気に増えるケースもあります。リーパル会計事務所では、特例終了の1年前から段階的に「本則課税の月次集計テスト」を回し、移行に伴う事務負担を可視化したうえで届出方針を決めるアドバイスを行っています。

届出を出し忘れると損をする——簡易課税への移行手続きと期限を正確に把握する

届出書の提出が必須

簡易課税を適用するためには、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を所轄税務署に提出しなければなりません。ただし、2割特例（または3割特例）を使った課税期間の翌課税期間から簡易課税を使う場合は特例があり、その翌課税期間の確定申告期限までに提出すれば、その翌課税期間から簡易課税を適用できます（国税庁「インボイス制度に関するQ&A」問117）。

たとえば2026年分まで2割特例を使った個人事業主が2027年分から簡易課税を使いたい場合は、2027年分の確定申告期限（2028年3月31日）までに届出書を出せば間に合います。2026年12月31日までに出しておいても構いません。

3月決算法人の場合、2027年4月〜2028年3月期から適用したいなら、2027年3月31日までに提出が必要です。

届出が間に合わなかった場合

期限を過ぎると、その課税期間は原則課税での申告が必要になります（個人事業主は、要件を満たせば2027年分・2028年分に3割特例を選ぶこともできます）。特例の期限は確定申告期限までと長めですが、方針が決まったら早めに届出書を出しておくことをおすすめします。

「自社のケースで原則課税と簡易課税のどちらが有利か」「届出を出すタイミング」など、個別の判断は数字を見ないと結論が出ません。判断に迷う部分があれば、リーパル会計事務所に直接ご相談いただくのが最短です。

よくある質問

Q1. 2026年9月30日以降も2割特例は使えますか？

2026年9月30日を含む課税期間までは使えます。個人事業主は2026年分（2026年1月〜12月）が最後の適用対象で、法人は決算期によって異なります（3月決算なら2027年3月期、12月決算なら2026年12月期が最後）。その次の課税期間からは使えません。

Q2. 2割特例と簡易課税を同じ課税期間に両方選べますか？

申告書上では、2割特例・簡易課税・原則課税のいずれかを選択します。2割特例が適用される期間中は、簡易課税よりも2割特例の方が有利なケースが多いですが、2割特例期間が終わったあとは、簡易課税の届出書（上の特例による提出を含む）を出していなければ原則課税で申告します。

Q3. 2割特例期間中に簡易課税の届出書を出しておく必要がありますか？

2割特例を使った課税期間の翌課税期間から簡易課税を使う場合は、その翌課税期間の確定申告期限までに提出すれば間に合います（国税庁「インボイス制度に関するQ&A」問117）。2割特例期間中に提出しておくことも可能です。

Q4. 2割特例を使った申告後に原則課税に変更できますか？

申告期限内であれば申告書の訂正（更正の請求または修正申告）が可能な場合があります。ただし、特例の選択は申告書で行うものなので、原則として提出後の変更は難しいです。

Q5. 2割特例終了後、事業をやめた場合の消費税はどうなりますか？

廃業した場合でも、その課税期間分の消費税申告・納付は必要です。廃業時の在庫・固定資産の消費税の取り扱いも含め、税理士に確認することをおすすめします。

まとめ

インボイスの2割特例は、2026年9月30日を含む課税期間をもって終了します（個人事業主は2026年分まで）。終了後の税負担を最小化するためには、簡易課税への移行手続きを期限内に完了させることが最重要課題です。また、原則課税か簡易課税かの比較試算を事前に行い、自社に有利な方を選ぶことが大切です。

参考資料

• 国税庁：2割特例（インボイス特設サイト）
• 国税庁：インボイス制度特設サイト

2割特例は「終わる前提」で運用するのが基本です。終了タイミングまでに本則課税・簡易課税のどちらに移行するかを決め、必要な届出書を提出期限内に出す——この一連のフローを切らさないことが、移行後の税負担を最小化する一番の近道です。リーパル会計事務所では、freee/MFクラウドの過去データから移行後の納税額を試算し、御社にとって最適な移行先を数字で示します。特例期間が終わる前に、ぜひ一度シミュレーションだけでもお試しください。

届出期限内に手続きを完了させて適切な課税方式を選べば、税負担を最小限に抑えない理由はほとんどありません。判断に迷う場合はリーパル会計事務所までご相談ください。

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、インボイス制度・消費税実務を専門とする。

最終更新日: 2026年10月10日