「自分が持っている会社の株式を譲渡したいが、税金がいくらかかるのか想像がつかない」「事業承継やM&Aで株を売ったら、手元にいくら残るのか」——株式の譲渡を検討し始めた個人の方の多くが、まずこの税金の問題に直面します。株式譲渡で得た利益には所得税・住民税がかかりますが、税率や計算方法は給与所得などとは異なる仕組みで決まります。仕組みを理解しないまま進めると、申告漏れや想定外の納税で資金繰りに困ることもあります。本記事では、個人が株式を譲渡したときにかかる税金の計算方法と、押さえておくべき注意点を、税理士の視点で整理します。

個人の株式譲渡にかかる税金は「申告分離課税」で計算される

個人が株式を譲渡して利益（譲渡益）を得た場合、その利益は給与所得や事業所得とは合算せず、単独で税額を計算する申告分離課税（＝他の所得と分けて、定められた一定税率で課税する方式）の対象になります。給与のように所得が増えるほど税率が上がる累進課税とは異なり、譲渡益の大小にかかわらず税率は一定です。

税率は一律20.315%

株式譲渡益にかかる税率は、合計20.315%です。内訳は次のとおりです。

復興特別所得税は、所得税額に対して2.1%を上乗せするもので、2037年まで課されます。つまり、譲渡益が1,000万円であれば、おおむね約203万円が税金として課されるイメージです。給与所得のように高所得ほど税率が上がるわけではないため、譲渡益が大きいほど累進課税より税負担が軽くなる構造になっています。

リーパル会計事務所では、譲渡前にこの税率と概算税額を試算し、手元に残る金額を「見える化」してから取引を進めることをお勧めしています。

株式譲渡益の計算方法｜取得費と譲渡費用を正しく差し引く

課税の対象になるのは「売った金額」そのものではなく、そこから取得費と譲渡費用を差し引いた「譲渡益」です。

譲渡益の計算式

譲渡益は次の式で計算します。

この譲渡益に20.315%を掛けたものが、納める税額の目安です。取得費や譲渡費用を漏れなく計上することが、過大な納税を防ぐうえで重要になります。

取得費がわからない場合の「概算取得費」

長期間保有していた株式や、相続で引き継いだ株式では、当初いくらで取得したのかが不明なケースがあります。この場合、譲渡収入の5%を取得費とみなす「概算取得費」を使うことが認められています。ただし、実際の取得費が譲渡収入の5%より高ければ、概算取得費を使うと譲渡益が大きくなり税負担も増えます。取得時の資料が残っているかどうかで税額が変わるため、契約書や払込記録は大切に保管しておくべきです。

譲渡所得や取得費の取り扱いの詳細は、国税庁の株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）で確認できます。

上場株式と非上場株式（自社株）で税金の取り扱いはどう違うか

同じ「株式譲渡」でも、上場株式と非上場株式（中小企業の自社株など）では、損益通算や申告の取り扱いに違いがあります。

上場株式

証券取引所に上場している株式の譲渡益も税率は20.315%です。特定口座（源泉徴収あり）で取引していれば、証券会社が源泉徴収を行うため、原則として確定申告は不要になります。また、上場株式同士の譲渡損益や、申告した配当所得との損益通算が可能で、譲渡損失は翌年以降3年間の繰越控除も認められています。

非上場株式（自社株・M&A）

事業承継やM&Aで中小企業の株式（非上場株式）を譲渡する場合も、譲渡益への税率は20.315%です。ただし、非上場株式の譲渡損は、上場株式の譲渡益や配当とは損益通算できないという大きな違いがあります。さらに、買い手や金額の妥当性によっては、税務上の「適正な時価」が論点になることもあり、評価の根拠が問われます。

非上場株式の譲渡は、評価額の算定や税務ストラクチャーで手取り額が大きく変わります。M&Aで会社全体を譲渡する場合は、仲介会社の選定段階から税務を並行検討することが欠かせません。M&Aの全体像は中小企業のM&A流れと手順を完全解説もあわせてご確認ください。事業承継で自社株を移す場合は、納税猶予が受けられる事業承継税制の特例措置とはも選択肢になります。

株式譲渡で確定申告が必要なケース・節税の注意点

確定申告が必要になるケース

非上場株式を譲渡した場合や、上場株式でも一般口座・特定口座（源泉徴収なし）で取引した場合は、原則として翌年に確定申告が必要です。譲渡益が出ているのに申告を怠ると、無申告加算税や延滞税といったペナルティの対象になります。譲渡した年の翌年2月16日〜3月15日の申告期限を必ず守ってください。

譲渡損失は申告すると有利になる

上場株式で譲渡損失が出た場合、確定申告をすることで他の上場株式の譲渡益や申告した配当所得と相殺でき、相殺しきれない損失は翌年以降3年間繰り越せます。損失が出た年こそ申告するメリットがあるため、面倒でも申告を検討すべきです。

「必ず節税できる」わけではない点に注意

株式譲渡の税金は税率が一律であるため、給与所得のような所得控除を積み増す節税策は効きにくい領域です。重要なのは、取得費・譲渡費用を漏れなく計上すること、損益通算や繰越控除を正しく使うこと、そして非上場株式では適正な時価で取引することです。安易な「節税スキーム」は、否認されれば追徴のリスクを招きます。リーパル会計事務所では、こうした論点を一つずつ確認し、無理のない範囲で税負担を最適化する支援を行っています。

よくある質問（FAQ）

Q. 株式を売って利益が出ました。税率はどのくらいですか。
A. 個人の株式譲渡益には、所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%を合わせた20.315%が課されます。譲渡益の大小にかかわらず税率は一定です。

Q. 何十年も前に買った株で、取得価格がわかりません。どう計算しますか。
A. 取得費が不明な場合は、譲渡収入の5%を取得費とみなす「概算取得費」を使えます。ただし実際の取得費がそれより高ければ概算を使うと不利になるため、当時の資料が残っていないか確認することをお勧めします。

Q. 上場株式で損が出ました。申告したほうがよいですか。
A. 申告することで、他の上場株式の譲渡益や申告した配当と相殺でき、相殺しきれない損失は3年間繰り越せます。損失が出た年は申告を検討する価値があります。

Q. 事業承継で自社株を後継者に売りたいのですが、税金はどうなりますか。
A. 非上場株式の譲渡益にも20.315%が課されます。ただし「適正な時価」での取引かどうかが税務上の論点になりやすいため、評価額の根拠を整えたうえで進めることが重要です。事前に税理士へ相談することをお勧めします。

監修

本記事は、公認会計士・税理士の鳥羽卓朗が監修しています。個人の株式譲渡にかかる税金は、上場・非上場の別、取得費の有無、損益通算の可否によって最終的な手取り額が変わります。リーパル会計事務所では、1,100社以上の関与実績をもとに、譲渡前の概算税額の試算から確定申告まで一貫した支援を行っています。会社や保有株式の譲渡を検討している個人の方は、まずはお気軽にご相談ください。

参考資料

• 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）