【税理士監修】中小企業のM&A流れと手順を完全解説｜準備から成約まで | 会計・税務に関するお役立ちブログ

「そろそろ次世代に事業を引き継ぎたい」「後継者不在で廃業を考えていたが、M&Aという選択肢があるのか」——そう感じ始めた中小企業経営者の方に向けて書いています。後継者不在は全国で約60%、しかも事業承継税制の特例措置（＝相続税・贈与税の納税猶予制度）の申請期限は2027年3月末に迫っています。なお、ここでいう2027年3月末は「特例承認計画」の提出期限であり、実際の贈与・相続（承継の実行）はその後に行う必要があります。「計画提出＝3月末」「承継実行＝計画提出後の期限内」という2段階である点にご注意ください。動き出すタイミングを逸すると選択肢が一気に狭まります。

リーパル会計事務所はBATONZパートナーとして、1,100社以上の関与実績をもとに財務・税務・M&Aアドバイザリーをワンストップで提供しています。本記事では中小企業M&Aの一般的な流れを準備から成約まで具体的に解説します。

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中小企業のM&Aが増加している背景

後継者不在問題の深刻化

中小企業庁の調査によると、後継者が不在の中小企業は全体の約60%に達しています。「廃業するより事業を引き継いでもらいたい」という経営者の意向と、「成長を加速したい」という買い手企業のニーズが合致し、M&Aマーケットが拡大しています。

M&Aプラットフォームの普及

BATONZ・M&A総合研究所など、中小企業向けのM&Aプラットフォームが普及したことで、専門仲介会社を介さなくても売り手・買い手がマッチングできる環境が整いました。

株式譲渡・事業譲渡・会社分割——選択を誤ると数千万円の差になる3手法

1. 株式譲渡（最も一般的）

売り手の株式を買い手に譲渡する方法です。会社の権利・義務が全て移転します。中小企業のM&Aの大半はこの手法です。

2. 事業譲渡

会社の特定の事業・資産・負債を選択して譲渡します。売り手は会社の器（法人格）を残したまま、特定事業を売却できます。

3. 会社分割

事業を分割して別会社に移す手法です。複数事業を持つ企業が一部事業を売却する場合に使われます。

手法	特徴	向いているケース
株式譲渡	手続きがシンプル・従業員が自動承継	会社ごと売却したい場合
事業譲渡	売却対象を選べる・簿外債務リスクを排除しやすい	特定事業のみ売却したい場合
会社分割	組織再編として活用可能	グループ内再編・複数事業の整理

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M&Aの流れと各フェーズの落とし穴

ステップ1：M&Aの目的と方針の整理（準備期間：1〜3ヶ月）

M&Aを進める前に、以下の点を明確にします。

なぜM&Aをするか: 後継者不在・事業拡大・資金化・経営課題の解決など
何を売るか・残すか: 会社全体か・特定事業か
希望売却価格の目安: 財務状況をもとに税理士・M&A仲介会社と相談
従業員の雇用継続の意向: 従業員の処遇を買い手に求めるか

ステップ2：企業価値評価（バリュエーション）

税理士・M&A仲介会社が企業価値を評価します。中小企業では「年買法（のれん法）」が一般的です。

年買法の計算式
企業価値＝時価純資産＋（営業利益 × 2〜5年分）

例えば、時価純資産5,000万円・営業利益2,000万円（倍率3年）の場合：
企業価値＝ 5,000万＋（2,000万 × 3）＝ 1億1,000万円

ステップ3：マッチングと秘密保持契約（NDA）

M&A仲介会社・プラットフォームを通じて、売り手企業の概要（匿名）を買い手候補に開示します。関心を示した買い手と秘密保持契約（NDA）を締結した後、詳細情報を開示します。

ステップ4：トップ面談と基本合意書（LOI）の締結

売り手経営者と買い手の経営者・担当者が直接面談します。双方が前向きであれば、「基本合意書（Letter of Intent）」を締結します。基本合意書は法的拘束力がないものの、条件面の基本的な合意を文書化したものです。

ステップ5：デューデリジェンス（DD）

買い手が売り手企業の実態を詳細に調査します。デューデリジェンス（DD＝買収調査。財務・法務・労務・ビジネス各観点から対象企業の実態を精査するプロセス）は売り手にとっても、隠れた問題の事前是正と価格交渉の根拠固めの場になります。

DD の種類	確認内容
財務DD	決算書・帳簿の正確性・隠れた負債の有無
法務DD	契約書・訴訟リスク・許認可・知的財産
労務DD	就業規則・未払い残業代・労使問題
ビジネスDD	顧客・競合・市場環境・成長可能性

売り手は必要書類の準備と、デューデリジェンス期間中の企業活動の通常維持が求められます。

ステップ6：最終契約書の締結と成約

デューデリジェンスの結果を踏まえて最終条件を交渉し、株式譲渡契約書（SPA）等を締結します。契約締結後に代金の支払い・株式の引渡しが行われ、M&Aが成立します。

ステップ7：クロージング後の統合（PMI）

M&A成約後の「統合プロセス（PMI：Post Merger Integration＝買収後の組織・業務・システム統合フェーズ）」が、M&Aの成否を分ける重要なフェーズです。従業員・顧客・システムの統合計画を事前に策定することが重要です。

資金繰り・後継者・M&Aの判断は、税務・法務・財務が複雑に絡むため、早期に専門家への相談で機会損失を防げます。リーパル会計事務所はBATONZパートナーとして、企業価値評価から税務スキーム設計、最終契約まで一気通貫で支援します。

中小企業M&Aのタイムラインとコスト

一般的なスケジュール

フェーズ	期間の目安
準備・企業価値評価	1〜3ヶ月
マッチング	1〜12ヶ月
基本合意からDD完了	1〜3ヶ月
最終契約・成約	1〜2ヶ月
合計	6〜18ヶ月