「freeeやマネーフォワードクラウドを入れたいが、初期費用やクラウド利用料の負担が気になる」。インボイス制度と電子帳簿保存法への対応が一段落した今、年商3,000万円〜3億円規模の中小企業経営者から、こうしたご相談が再び増えています。実は会計ソフトの導入費用は、国の補助金で一部をまかなえる可能性があります。それが、かつて「IT導入補助金」と呼ばれていた制度です。

本記事では、2026年の最新公募時点における制度の枠組みを、IT導入支援事業者として実際に申請をサポートしているリーパル会計事務所が、会計ソフト導入にしぼって解説します。どの枠が会計ソフト向けか、補助率・補助上限はいくらか、IT導入支援事業者を経由した申請の流れはどうなるか。読後に「自社が使えるのか」「次に何をすべきか」が判断できる構成にしました。

なお補助金制度は年度ごとに名称・枠・金額が変わります。本記事は2026年の公募開始時点の公開情報に基づいており、申請前には必ず後述の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。

2026年のIT導入補助金は「デジタル化・AI導入補助金」に名称変更

最初に押さえておきたい大前提があります。これまで「IT導入補助金」と呼ばれてきた制度は、2026年から名称が「デジタル化・AI導入補助金」に変更されました（公式サイトでは「旧：IT導入補助金」と併記されています）。検索では今も「IT導入補助金 2026」で探す方が多いため、本記事でも通称として「IT導入補助金」を使いますが、公式名称は「デジタル化・AI導入補助金」である点を覚えておいてください。

この制度は、中小企業・小規模事業者等が自社の課題に合ったITツール（ソフトウェア等）を導入する経費の一部を補助するものです。会計ソフトのクラウド利用料も補助対象になり得るため、freeeやマネーフォワードクラウドといったクラウド会計の導入を検討している事業者にとっては、見逃せない制度といえます。

2026年の主な申請枠

2026年の公募では、おおむね以下の枠が用意されています。会計ソフトに関係が深いのは「通常枠」と「インボイス枠」です。

上記は2026年の公募開始時点で公式サイト等に示されている目安です。補助率や上限額は枠・類型・事業者規模によって細かく異なり、年度途中で見直される場合もあります。確定額は必ず公募要領で確認してください。

会計ソフトはどの枠で対象になるのか

会計ソフトを導入したい場合、選択肢は大きく「通常枠」と「インボイス枠（インボイス対応類型）」の2つです。

通常枠：会計を含む業務全般を効率化したい場合

通常枠は、業務プロセスの効率化や売上向上に資するITツールを幅広く対象とする枠です。会計ソフトは「会計・財務・経営」に関わる業務プロセスに該当するため、対象になり得ます。

補助対象経費には、ソフトウェアの購入費やクラウド利用料（最大2年分）が含まれます。補助率は原則1/2以内で、補助額の区分はプロセス数に応じて以下のように設定されています。

• 1プロセス以上：5万円以上〜150万円未満
• 4プロセス以上：150万円以上〜450万円以下

会計だけでなく、給与・請求・経費精算など複数の業務をまとめてクラウド化したい中堅規模の事業者には、上限の大きい通常枠が向いています。

インボイス枠（インボイス対応類型）：会計ソフト中心ならこちら

会計ソフト単体、あるいは会計を軸に導入したいのであれば、「インボイス枠」のうちインボイス対応類型が有力な選択肢です。

この類型は、インボイス制度に対応した「会計」「受発注」「決済」の機能を1種類以上持つソフトウェアを対象とします。freeeやマネーフォワードクラウドの会計プランは、この機能要件を満たすケースが多く、公式サイトでも会計ソフトが補助対象として明示されています。

補助率は通常枠より手厚く設定されているのが特徴です。

• 補助額50万円以下の部分：3/4以内（小規模事業者は4/5以内）
• 補助額50万円超〜350万円以下の部分：2/3以内

少額の会計ソフト導入であれば、自己負担を抑えやすいのがインボイス対応類型の魅力です。ただし、補助額が50万円を超える申請では、「会計」「受発注」「決済」のうち2機能以上を持つことが要件になる点に注意してください。

リーパル会計事務所はfreee・マネーフォワードクラウド両方の認定アドバイザーとして、クラウド会計の導入支援を1,000社超で行ってきました。その経験から言えるのは、「補助率が高い枠を選ぶ」ことよりも、「自社の業務に本当に必要な機能を満たすツールを選ぶ」ことが先だ、ということです。補助金はあくまで導入を後押しする手段であり、目的ではありません。

IT導入支援事業者を経由した申請の流れ

この補助金の最大の特徴は、事業者が単独では申請できないという点です。あらかじめ事務局に登録された「IT導入支援事業者」（ITツールを提供・サポートする事業者）とタッグを組み、二人三脚で申請を進めます。会計ソフトの場合、認定を受けた税理士事務所やITベンダーがこの役割を担います。

申請の大まかな流れは以下のとおりです。

1. 公募要領を確認する：自社が対象事業者か、どの枠が合うかを把握する
2. GビズIDプライムを取得し、SECURITY ACTIONを宣言する：申請に必須の準備。GビズID取得には日数がかかるため早めに着手する
3. IT導入支援事業者・ITツールを選定する：導入したい会計ソフトと、その支援事業者を決める
4. 交付申請を行う：申請マイページで、支援事業者と共同で申請情報を入力・提出する
5. 交付決定を受ける：交付決定前に発注・契約・支払いをすると補助対象外になるため、必ず決定を待つ
6. ITツールを発注・契約・支払いする：交付決定後に手続きを進める
7. 事業実績報告を行う：導入・支払いの証憑をそろえて報告する
8. 補助額の確定・交付を受ける
9. 事業実施効果報告を行う：導入後の効果を一定期間報告する

実務で最もつまずきやすいのが、ステップ5の「交付決定前に支払ってしまう」失敗です。せっかく申請が通っても、決定前に契約・入金していると補助対象外になります。会計ソフトは「早く使い始めたい」気持ちが先行しやすいため、ここは特に注意してください。

2026年の申請スケジュール（公募開始時点）

2026年の公募では、補助事業者（導入を希望する中小企業側）の申請受付が2026年3月30日から開始される旨が案内されています。締切は複数回に分けて設定される見込みで、回ごとに交付申請期間と交付決定日が定められます。

スケジュールは公募回によって変わり、予算の消化状況により早期に締め切られることもあります。最新の締切日は必ず公式サイトでご確認ください。

申請前に確認しておきたい注意点

会計ソフトの補助申請では、次の点を事前に押さえておくと安心です。

• 対象は「登録されたITツール」に限られる：どの会計ソフトでも対象になるわけではありません。事務局に登録されたツールであることが前提です
• 補助率・上限額は年度・枠で変わる：本記事の数値は2026年公募開始時点の目安です。確定額は公募要領で確認してください
• クラウド利用料は最大2年分まで：それ以降の利用料は自己負担になります
• 補助金は原則として後払い（精算払い）：いったん全額を支払い、後から補助分が交付されます。一時的な資金繰りの準備が必要です
• 効果報告の義務がある：交付後も一定期間、導入効果の報告が求められます

クラウド会計は「導入して終わり」ではなく、「自動仕訳ルールの設定」「銀行・カード連携」「運用フローの定着」まで行って初めて効果が出ます。補助金で導入コストを抑えつつ、活用まで伴走できる支援事業者を選ぶことが、投資を回収する近道です。

会計ソフト選びそのものに迷っている方は、【2026年版】クラウド会計ソフトおすすめ5選｜個人事業主・法人別の選び方もあわせてご覧ください。freeeとマネーフォワードクラウドのどちらが自社に合うかを比較したい場合は、freeeとマネーフォワードクラウドを徹底比較｜税理士が両方使って分かった違いが判断の助けになります。

よくある質問（FAQ）

Q1. 2026年の「IT導入補助金」と「デジタル化・AI導入補助金」は別の制度ですか？

A. 同じ制度です。2026年から名称が「デジタル化・AI導入補助金」に変更され、公式サイトでは「旧：IT導入補助金」と併記されています。検索では旧称が使われ続けているため混同しやすいですが、申請窓口は1つです。

Q2. freeeやマネーフォワードクラウドは補助金の対象になりますか？

A. 事務局に登録されたITツールであれば対象になり得ます。インボイス対応類型では会計ソフトが補助対象として明示されており、freeeやマネーフォワードクラウドの会計プランは機能要件を満たすケースが多いです。ただし、対象となるのは登録済みのツール・プランに限られるため、申請前にIT導入支援事業者へご確認ください。

Q3. 補助率はどのくらいですか？

A. 枠と類型で異なります。通常枠は原則1/2以内、インボイス対応類型は補助額50万円以下の部分が3/4以内（小規模事業者は4/5以内）、50万円超の部分が2/3以内が目安です。いずれも2026年公募開始時点の情報で、年度や条件により変わるため公募要領での確認が必要です。

Q4. 自分で直接申請できますか？

A. できません。事務局に登録された「IT導入支援事業者」と共同で申請する仕組みです。会計ソフトの場合、認定を受けた税理士事務所やITベンダーが支援事業者となります。

Q5. クラウド会計の利用料は何年分まで補助されますか？

A. 通常枠では最大2年分のクラウド利用料が補助対象経費に含まれます。それ以降の利用料は自己負担です。複数年分を一括で対象にできるかなど細かい条件は公募要領で確認してください。

参考資料

• デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）通常枠｜中小機構
• デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）インボイス枠｜中小機構

クラウド会計の導入は、補助金の申請とツール選定、そして導入後の運用設計をセットで考えてこそ投資効果が最大化します。リーパル会計事務所は、freee・マネーフォワードクラウド両方の認定アドバイザーとして、これまで1,000社超のクラウド会計導入をご支援してきました。「自社がどの枠を使えるのか」「どのソフト・プランが業務に合うのか」「申請から運用定着まで誰に任せるか」を、税務顧問の視点を交えてまとめてご相談いただけます。

補助金は公募回ごとに締め切られ、予算の消化次第で早期終了することもあります。会計ソフトの導入を少しでも検討されている方は、スケジュールに余裕を持って動くことをおすすめします。まずはお気軽にご相談ください。

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、freee・マネーフォワードクラウドの導入支援を専門とする。

最終更新日: 2026年6月11日