freeeを使えば、個人事業主が確定申告を自力で完結させることが可能です。ただし「とりあえずfreeeに入力すれば申告できる」という理解では、漏れや誤りが生じる可能性があります。

本記事では、青色申告特別控除を最大65万円受けるための設定から、各種控除の入力方法・e-Tax（＝国税庁が提供する電子申告・納税システム）による電子申告の手順まで、一連のやり方を丁寧に解説します。

前の税理士から受け取る資料の一覧（申告書・総勘定元帳・届出書・電子申告の控え）は、前の税理士から受け取る資料の一覧｜申告書・総勘定元帳・届出書・電子申告の控えで詳しく解説しています。

確定申告の前に確認すべき基礎知識

申告が必要なケース

個人事業主・フリーランスが確定申告を行う必要があるのは、事業所得や雑所得など給与所得以外の所得がある場合です。以下の基準を参考にしてください。

青色申告（＝事前届出をしたうえで複式簿記で帳簿をつける制度）と白色申告の選択

freeeでは青色申告（＝事前届出をしたうえで複式簿記で帳簿をつける制度）・白色申告どちらでも申告書を作成できますが、青色申告を選ぶことで最大65万円の特別控除が受けられます。

青色申告の承認申請は、開業から2ヶ月以内（翌年分からは3月15日まで）に税務署へ提出します。freeeからe-Tax（＝国税庁が提供する電子申告・納税システム）で申請書を提出することもできます。

申告前に完了させるべき帳簿整理

全取引の入力・承認

確定申告の計算は12月31日時点のすべての取引が正確に入力されていることが前提です。以下の項目を確認します。

1. 銀行・カードの明細がすべて承認されているか
2. 現金払いの経費が漏れなく入力されているか
3. 売掛金・未収入金が計上されているか（発生主義）
4. 棚卸資産がある場合、期末在庫を計上しているか
5. 固定資産の減価償却（＝固定資産の取得費を耐用年数に応じて費用配分する会計処理）が計上されているか

減価償却（＝固定資産の取得費を耐用年数に応じて費用配分する会計処理）の確認

パソコン・車・機械など10万円以上の資産は減価償却（＝固定資産の取得費を耐用年数に応じて費用配分する会計処理）が必要です。freeeの「固定資産台帳」に登録されている場合は、期末に「減価償却の実行」を行うことで自動的に仕訳が生成されます。

取得価額40万円未満の資産は、青色申告者に限り少額減価償却資産として全額をその年の経費に計上できます（年間合計300万円まで）。令和8年度税制改正で、令和8年4月1日以後に取得する資産は上限が30万円未満から40万円未満に引き上げられ、適用期限も令和11年3月31日まで延長されました。令和8年3月31日までに取得した資産は30万円未満が対象です。なお、この特例を使えるのは常時使用する従業員が400人以下（令和8年3月31日までに取得した資産は500人以下）の青色申告者です。

家事按分の計算

自宅兼事務所の場合、家賃・水道光熱費の事業割合分を経費に算入できます。freeeでは「家事按分」設定から割合を指定すると、按分後の金額が自動的に計上されます。

按分の根拠（事務所として使用している面積の割合など）を記録として残しておくことが税務調査対策になります。

freeeで確定申告前の帳簿整理が終わっているか不安な場合は、リーパル会計事務所が申告前の仕訳チェックサービスをご提供しています。

freeeで確定申告書を作成するやり方

申告ナビゲーターの使い方

freeeの「確定申告」メニューから対象年度を選ぶと、申告書作成のナビゲーターが起動します。ステップ形式で必要事項を入力していきます。

ステップ1: 事業所得の確認
事業収入・費用の集計が自動的に行われ、事業所得の金額が表示されます。金額に誤りがないか確認します。

ステップ2: 青色申告特別控除の確認
複式簿記で記帳し、e-Taxで電子申告する場合は65万円控除が適用されます。freeeが条件を満たしているか自動的に判定します。

ステップ3: 所得控除の入力

確定申告で控除できる主な所得控除は以下のとおりです。

各控除は証明書（保険会社からの控除証明書・共済の支払証明書等）をもとに入力します。医療費は領収書から合計額を計算してfreeeに入力します。

ステップ4: 税額の確認
課税所得・所得税額・復興特別所得税・住民税（概算）が表示されます。還付がある場合は還付先の銀行口座を入力します。

確定申告書の作成後に節税の余地がないか確認したい場合は、リーパル会計事務所が申告書を拝見したうえで控除適用漏れをチェックします。

e-Taxで電子申告するやり方

電子申告の2つの方法

マイナンバーカード方式

• マイナンバーカードとICカードリーダー、またはマイナポータルアプリが必要
• 税務署への事前手続きは不要
• 最もスムーズな方法

ID・パスワード方式

• 税務署で発行されるID・パスワードが必要（事前に税務署窓口で取得）
• ICカードリーダー不要
• マイナンバーカードを持っていない方向け

freeeからe-Taxへの送信手順

1. freeeの「確定申告」→「e-Taxで申告」を選択
2. 認証方式（マイナンバーカード or ID・パスワード）を選択
3. 画面の指示に従って認証・送信
4. 送信完了画面で「受付番号」を確認・保存

e-Taxの受付番号は申告の受領証明となります。スクリーンショットを保存するか、PDF印刷して保管してください。

申告後の納税手続き

申告後に納税が必要な場合は期限（3月15日）までに納付します。

振替納税を使うと実質的な納税期限が1ヶ月以上延びるため、キャッシュフローの観点から多くの個人事業主にとってメリットがあります。

FAQ

Q. freeeで申告書を作成しただけで申告は完了しますか？
A. いいえ。freeeで申告書を作成した後、e-Taxで電子送信または郵送・持参で税務署に提出して初めて申告完了です。freeeの「申告書の提出」ステップまで完了させる必要があります。

Q. 申告期限に間に合わなかった場合はどうなりますか？
A. 期限後申告となり、無申告加算税（15〜20%）・延滞税（年8.7%程度）が課される場合があります。気づいたらできるだけ早く申告することが大切です。リーパル会計事務所では期限後申告の対応も承っています。

Q. 消費税の申告もfreeeでできますか？
A. はい。課税事業者の場合、消費税申告書もfreeeで作成・e-Tax送信できます。消費税の申告期限は個人事業主の場合3月31日です。

Q. 確定申告で還付がある場合、いつ口座に振り込まれますか？
A. e-Taxで電子申告した場合、還付金は通常申告から3〜4週間程度で振り込まれます。紙申告の場合は1〜2ヶ月程度かかることがあります。

Q. 過去の申告を修正したい場合はどうすればよいですか？
A. 税額が多すぎた（払いすぎた）場合は「更正の請求」（5年以内）、少なすぎた場合は「修正申告」を行います。freeeからこれらの書類を作成・提出することができます。

リーパル会計事務所では、確定申告期に「自分でfreee入力をしているが最終チェックだけ任せたい」「家事按分や事業割合の判断だけ相談したい」というスポット相談を多数お受けしています。期限ギリギリでなく、2月上旬までにご相談いただくとe-Tax送信までの段取りがスムーズです。

まとめ

freeeで確定申告を進めるやり方は、「帳簿の整理」→「申告書の作成」→「e-Taxで送信」→「納税」の4ステップに分解できます。青色申告特別控除65万円の適用条件（複式簿記＋期限内申告＋e-Tax送信）を1つでも欠かさないことが、節税効果を最大化する基本です。

ただし、家事按分や減価償却・各種控除の適用判断には個別の判断が入りやすく、自力での処理に不安が残る方も多い領域です。リーパル会計事務所では、freee入力済みデータのチェックから申告代行・期限後申告対応まで柔軟にお受けしています。「ここだけ専門家に確認したい」というピンポイントの相談も歓迎ですので、初回無料相談からお気軽にお声がけください。

• 関連記事：freeeで確定申告する方法｜個人事業主向けステップバイステップガイド
• 関連記事：freeeの使い方を初心者向けに完全解説｜初期設定から確定申告まで

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• マネーフォワードとfreeeの違いを税理士が解説｜選び方の判断基準チャート

参考資料

• 国税庁 電子申告（e-Tax）の利用方法
• freee公式 e-Taxで申告するには

結論：「自分でやり切る」と「専門家を使う」は二者択一ではない

freeeを使えば確定申告を自力で完結することは十分可能ですが、家事按分・減価償却・所得区分の判定など個別判断のいる箇所だけ専門家に確認するハイブリッド型が、コストと安心のバランスが最も取れる選び方です。65万円控除を確実に取るために、e-Tax送信前の30分だけ相談する方も増えています。

リーパル会計事務所では、確定申告に特化したスポット相談・チェック・申告代行を、申告者の状況に応じて使い分けています。「freee入力済みデータを送るので確認してほしい」というかたちでもご相談いただけますので、初回無料相談からお気軽にどうぞ。

監修: 公認会計士・税理士 鳥羽卓朗（リーパル会計事務所 代表）
最終更新日: 2026年10月15日

参考資料

• 国税庁 電子申告（e-Tax）の利用方法
• freee公式 e-Taxで申告するには