「社会保険診療の概算経費の特例を使ったほうが得なのか」「自由診療を始めたら消費税はどうなるのか」。クリニックや歯科医院を経営する院長から、税務についてこうした相談を多くいただきます。医療機関は、社会保険診療報酬の特例や、保険診療と自由診療で異なる消費税の扱いなど、ほかの業種にはない論点が多い分野です。

本記事では、医療・クリニック・歯科の税務について、社会保険診療報酬の所得計算の特例、消費税の課税・非課税、医療法人化、医療機器の特別償却までを、2026年6月時点の国税庁の一次情報に基づいて整理します。年度で取り扱いが変わる数値は、その旨を明記します。

社会保険診療報酬の所得計算の特例（措置法26条）

個人で開業している医師・歯科医師には、社会保険診療報酬について、実際の経費ではなく一定の概算経費で所得を計算できる特例があります（租税特別措置法第26条）。実際の経費が概算経費を下回る、つまり高収益で経費が比較的少ない医院ほど、この特例が有利になります。

適用できるのは、その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下、かつ事業所得にかかる総収入金額が7,000万円以下の場合です。いずれかを超える年は適用できません。概算経費率は、社会保険診療報酬の金額に応じて次の4段階になっています。

この特例は、実額の経費との有利なほうを年ごとに選べます。概算経費と実額経費を比較し、有利な方法を選択することがポイントです。計算は、青色申告決算書の医師・歯科医師用の付表で行います。

保険診療は非課税・自由診療は課税

医療機関の消費税は、診療の種類によって課税と非課税が分かれます。公的医療保険が適用される社会保険診療（保険診療）は消費税が非課税です。一方、自由診療（美容医療、予防接種、健康診断、自費の歯科治療、診断書などの文書料）は消費税の課税対象になります。

ここで医療機関特有の問題になるのが、控除対象外消費税です。クリニックは非課税となる保険診療の売上が大半を占めるため、課税売上割合が低くなりがちです。その結果、医療機器の購入や家賃などで支払った消費税を、仕入税額控除で全額は差し引けないことが多くなります。差し引けなかった消費税は、コスト（控除対象外消費税）として医院の負担になります。とくに高額な医療機器を購入する年は、この負担が大きくなりやすいため、事前の試算が欠かせません。消費税の計算の基本は、法人の消費税の計算方法｜原則課税と簡易課税の違いもあわせてご参照ください。

なお、社会保険診療報酬の概算経費の特例は所得税の計算上の特例であり、消費税の課税・非課税の判定とは別の仕組みです。概算経費を選んでも、消費税は実額ベースで別途計算する必要があります。

医療法人化と医療機器の特別償却

所得が大きくなってくると、個人開業のままでよいか、医療法人を設立すべきかが論点になります。個人開業医は所得税の超過累進税率（住民税と合わせると高い所得帯で約55%）が適用されますが、医療法人化すると法人税が中心となり、理事報酬による給与所得控除の活用や家族への所得分散などの設計が可能になります。一方で、社会保険への加入義務や設立認可の手続きといった負担も生じます。法人化が有利になる所得水準は医院の状況によって異なるため、個別のシミュレーションが必要です。具体的な税率は年度で変わるため、最新の数値で確認してください。法人化の一般的なメリットは、個人事業主が法人化するメリットで解説しています。

設備投資では、高度な医療機器を取得した場合に特別償却を使える制度があります（租税特別措置法第45条の2）。取得価額500万円以上の対象医療機器について、取得価額の12%の特別償却が認められ、適用期限は令和7年度税制改正で令和9年（2027年）3月31日まで延長されています。対象機器の範囲や要件は年度で変わるため、購入前に最新情報を確認してください。

よくある質問（FAQ）

Q1. 概算経費の特例は誰でも使えますか？

A. 個人開業の医師・歯科医師で、その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下、かつ事業所得の総収入金額が7,000万円以下の場合に使えます。いずれかを超える年は適用できません。実額経費との有利なほうを年ごとに選択します。

Q2. 概算経費を使うと必ず得をしますか？

A. 必ずではありません。実際の経費が概算経費を上回る場合は、実額で計算したほうが有利です。経費が比較的少ない医院ほど概算経費が有利になります。毎年、両方を比較して選ぶことが大切です。

Q3. 自由診療を始めたら消費税の申告が必要ですか？

A. 自由診療は消費税の課税対象です。基準期間の課税売上高が1,000万円を超えると課税事業者となり、消費税の申告・納付が必要になります。保険診療は非課税のため、課税・非課税を区分した経理が必要です。

Q4. 高額な医療機器を買ったのに消費税が戻りません。なぜですか？

A. クリニックは非課税の保険診療売上が多く、課税売上割合が低くなりがちです。そのため、医療機器の購入で支払った消費税を仕入税額控除で全額は差し引けず、控除できない部分がコストになります。これが控除対象外消費税です。

Q5. 医療法人化はいつ検討すべきですか？

A. 所得が大きくなり、所得税の累進税率の負担が重くなってきた段階が一つの目安です。ただし、法人化が有利になる所得水準は医院ごとに異なり、社会保険の負担なども踏まえた総合的な判断が必要です。個別のシミュレーションをおすすめします。

参考資料

• 国税庁：租税特別措置法第26条（社会保険診療報酬の所得計算の特例）通達
• 国税庁：青色申告決算書（医師及び歯科医師用）付表
• 国税庁：租税特別措置法第45条の2（医療用機器等の特別償却）通達

医療・クリニック・歯科の税務は、社会保険診療報酬の概算経費、保険診療と自由診療の消費税、法人化という、医療機関ならではの論点が中心です。これらを正しく押さえれば、適正な納税と節税の両立が可能になります。

リーパル会計事務所では、1,100社以上の関与実績とクラウド会計導入支援の知見をもとに、概算経費と実額の有利判定から、保険診療・自由診療の消費税区分、医療法人化のシミュレーションまでをサポートしています。医院の税務に不安のある院長は、お気軽にご相談ください。

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、医療機関をはじめとする専門事業者の税務を専門とする。

最終更新日: 2026年6月29日