「自社開発したシステムは、経費にできるのか、資産に計上するのか」「研究開発税制が使えると聞いたが、自社のような小さな会社でも対象になるのか」。IT・SaaS・受託開発を手がける法人の経営者から、税務についてこうした相談をいただきます。IT業界はソフトウェアの会計処理や開発の収益計上など、ほかの業種にはない論点が多く、判断を誤ると納税額が大きく変わります。

本記事では、IT・SaaS・受託開発の法人の税務について、ソフトウェアの資産計上と耐用年数、研究開発税制、業務委託の源泉・消費税、補助金の処理までを、2026年6月時点の国税庁の一次情報に基づいて整理します。年度で取り扱いが変わる数値は、その旨を明記します。

ソフトウェアの資産計上と耐用年数

IT企業の税務でまず重要なのが、ソフトウェアの会計処理です。自社で開発したソフトウェアや購入したソフトウェアは、一定額以上であれば資産（無形固定資産）に計上し、減価償却で複数年に分けて費用化します。耐用年数は用途によって異なります。

SaaSとして提供する自社サービスの開発費は、市場販売目的のソフトウェアか自社利用ソフトウェアかで耐用年数が変わるため、性質の見極めが重要です。なお、製作にかかった間接費・付随費用が製作原価のおおむね3%以内であれば、取得価額に含めなくてよいとされています。

一方、中小企業者等であれば、少額減価償却資産の特例により、取得価額30万円未満のソフトウェアや備品を取得した年に一括で経費にできます（年間合計300万円まで）。なお、令和8年度税制改正大綱では、この特例の対象を取得価額40万円未満へ引き上げる方針が示されていますが、これは大綱段階の内容であり、施行時期・最終的な数値は成立した法令で確認してください。

毎月支払うSaaS利用料やクラウド（サーバー）利用料は、資産計上ではなく、支払時の損金として処理するのが基本です。

受託開発の収益認識と研究開発税制

受託開発（システムの請負開発）の売上は、収益認識に関する会計基準に従い、原則として開発の進捗度に応じて計上します。一定の期間にわたって履行義務を充足する取引にあたる場合は、原価の発生割合などで進捗度を見積もって売上を計上します。この要件を満たさない場合は、完了時点で計上します。プロジェクトごとの原価管理が、適正な収益計上の前提になります。

研究開発に取り組むIT企業が活用できるのが、研究開発税制（試験研究費の税額控除）です。中小企業向けの制度では、試験研究費に一定の控除率（原則12%、増減割合に応じて上乗せがあり上限17%）を掛けた金額を、法人税額から控除できます。控除できる上限は、原則として調整前法人税額の25%で、要件を満たすと上乗せがあります。ソフトウェアの新規開発や既存システムの大幅な改良などが対象になり得ます。研究開発税制は租税特別措置のため、控除率・上限・適用期限が頻繁に見直されます。適用にあたっては、その事業年度の最新の数値を必ず確認してください。

業務委託の源泉・消費税と補助金の処理

IT企業は外部のエンジニアやデザイナーに業務を委託する機会が多く、その支払いの扱いも論点になります。プログラミングやシステム開発といった役務への報酬は、所得税法で源泉徴収の対象として列挙されている報酬には含まれないため、原則として源泉徴収は不要です。一方、デザイン料や記事執筆の原稿料を支払う場合は、その部分が源泉徴収の対象（10.21%、1回100万円超の部分は20.42%）になります。支払先が法人であれば源泉徴収は不要です。

なお、業務委託エンジニアであっても、実態が自社の指揮命令下にある働き方であれば「給与」と認定され、源泉徴収漏れと消費税の仕入税額控除の否認という二重のリスクが生じます。契約と実態を整えておくことが大切です。個人側の論点は、フリーランスエンジニアの確定申告・インボイス完全ガイドもあわせてご参照ください。

IT導入補助金などの補助金で資産を取得した場合は、圧縮記帳を使って、補助金収入に対する課税を翌年度以降に繰り延べることができます（課税の免除ではなく繰延べです）。確定申告書に所定の明細書を添付して適用します。

よくある質問（FAQ）

Q1. 自社開発したSaaSの開発費は経費にできますか？

A. 一定額以上のソフトウェアは資産に計上し、減価償却で費用化します。市場販売目的のソフトウェアは耐用年数3年、自社利用ソフトウェアは5年です。少額（取得価額30万円未満）であれば、中小企業者等は少額減価償却資産の特例で一括計上できます。

Q2. 月額のクラウド利用料は資産計上が必要ですか？

A. 不要です。毎月支払うSaaS利用料やサーバー利用料は、原則として支払時の損金として処理します。前払いした場合は、対応する期間に応じて費用計上します。

Q3. 研究開発税制は中小企業でも使えますか？

A. 使えます。中小企業向けの制度では、試験研究費に控除率（原則12%、上乗せで最大17%）を掛けた金額を法人税額から控除できます。控除上限は原則として調整前法人税額の25%です。控除率・上限・期限は年度で変わるため、最新の数値を確認してください。

Q4. 業務委託エンジニアへの報酬は源泉徴収が必要ですか？

A. プログラミング・システム開発の役務への報酬は、原則として源泉徴収の対象外です。ただし、デザイン料や原稿料を支払う場合はその部分が源泉徴収の対象になります。支払先が法人なら源泉徴収は不要です。

Q5. IT導入補助金を受け取ったら課税されますか？

A. 補助金収入は原則として益金になりますが、圧縮記帳を使えば、その分の課税を翌年度以降に繰り延べることができます。課税が免除されるわけではなく、繰り延べる仕組みである点に注意してください。

参考資料

• 国税庁：No.5461 ソフトウエアの取得価額と耐用年数等
• 国税庁：No.5444 中小企業技術基盤強化税制（研究開発税制）
• 国税庁：No.5408 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例
• 国税庁：No.5601 国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳

IT・SaaS・受託開発の法人の税務は、ソフトウェアの資産計上、収益認識、研究開発税制という、専門的な判断が求められる論点が中心です。これらを正しく設計すれば、適正な納税と節税の両立が可能になります。

リーパル会計事務所では、1,100社以上の関与実績とクラウド会計導入支援の知見をもとに、ソフトウェアの資産区分の判定から研究開発税制の適用、freee・マネーフォワードクラウドでのプロジェクト原価管理までをサポートしています。IT企業の税務に不安のある経営者の方は、お気軽にご相談ください。

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、IT・SaaS企業をはじめとする成長企業の税務を専門とする。

最終更新日: 2026年6月29日