「税務調査で実際に何を見られるのか」「自社のどこが指摘されやすいのか」がわからないまま当日を迎えると、答えられない質問に動揺し、本来は問題のない処理まで疑われてしまうことがあります。税務調査の指摘事項には明確な傾向があり、そのほとんどは悪質な脱税ではなく「判断の誤り」や「記録の不備」から生じます。指摘されやすいポイントを事前に押さえておけば、過度に不安を抱える必要はありません。本記事では、調査官が重点的に見る観点と勘定科目別のよくある指摘事例、そして調査前に自社でできる対策を整理します。

税務調査の指摘はなぜ生まれるのか——調査官が見ているのは「期ズレ」と「私的混同」

指摘の大半は悪質な脱税ではなく判断の誤り

税務調査というと「脱税を暴かれる」というイメージを持たれがちですが、実際の指摘事項の多くは、計上時期の誤りや事業性の判断ミスといった、日常的な経理処理の延長線上で起こります。つまり、意図的でない処理でも結果として課税所得が過少になっていれば、修正の対象になります。だからこそ「悪いことをしていないから大丈夫」という感覚だけでは、指摘を防ぎきれません。

調査官が重点的に確認する3つの観点

調査官は限られた時間のなかで、過少申告につながりやすい論点に絞って確認します。代表的な観点は次の3つです。

リーパル会計事務所では、この3観点を「調査官の視点」として日常の記帳段階から意識することを推奨しています。指摘を受けてから直すのではなく、受けない状態を平時からつくることが最も効率的だからです。税務調査の全体像については税務調査とは？連絡が来た時の対応法から当日の流れまでもあわせてご確認ください。

【勘定科目別】税務調査で指摘されやすい事項とよくある事例

ここからは、実際に指摘が集中しやすい勘定科目ごとに、よくあるパターンと対策を整理します。

売上——計上時期のズレ（期ズレ）が最頻出

最も指摘が多いのが売上の期ズレです。たとえば、3月決算の事業で3月末に商品を引き渡したにもかかわらず、入金が4月だったために売上を翌期に計上していた、というケースが典型です。売上は「入金日」ではなく「引き渡しや役務提供が完了した日」に計上するのが原則であり、ここを取り違えると当期の利益が過少になります。決算期末の前後1〜2週間の取引は、特に重点的に確認されます。

仕入・外注費——架空計上と期ズレ

仕入や外注費では、請求書はあるが実態の伴わない計上や、翌期分の費用を当期に前倒しで計上しているケースが指摘されます。外注先への支払いについては、契約書・成果物・支払記録の3点がそろっているかが確認されます。

経費——事業性とプライベートの混同

交際費・旅費交通費・車両費・地代家賃などで、私的な支出が混じっていないかは必ず確認されます。自宅兼事務所の家賃や、私用と兼用の自動車費用は、事業使用割合に応じた按分が必要です。按分そのものは認められても、その根拠（面積比率・走行距離・使用時間など）を説明できないと、否認や割合の引き下げにつながります。年商5,000万円規模の小売業のケースでは、家事按分の根拠資料が整っているだけで、調査時の説明がスムーズに進む傾向があります。

人件費——架空人件費と給与・外注の区分

実際には勤務していない親族への給与計上（架空人件費）や、本来は給与とすべき支払いを外注費として処理しているケースが指摘されます。給与と外注費は源泉徴収や消費税の扱いが異なるため、実態に即した区分が求められます。

在庫（棚卸）——評価漏れによる利益の圧縮

期末在庫を少なく計上すると、その分だけ売上原価が増えて利益が圧縮されます。倉庫にある在庫の計上漏れや、評価方法の誤りは、利益操作とみなされやすい論点です。棚卸表と現物、帳簿の数量が一致しているかが確認されます。

経費を計上する際の事業性の判断は、税務調査で最も論点になりやすい部分です。日頃から按分根拠を残しておくことが、指摘を防ぐ最短の方法です。

法人と個人事業主で指摘の傾向はどう違うか

指摘されやすい論点は、法人と個人事業主で重心が異なります。法人では役員報酬・役員貸付金・交際費の損金算入限度額・グループ間取引など、組織ならではの論点が中心になります。一方、個人事業主では家事按分（プライベートとの区分）と売上計上漏れが二大論点です。事業用と私用の口座やカードが分かれていないと、それだけで確認に時間がかかります。

法人で事前準備を体系的に進めたい方は法人の税務調査対策｜事前準備・当日の対応を、想定問答を準備したい方は税務調査の質問にどう答えるかをご覧ください。

指摘を受けないために調査前にできる対策——リーパル会計事務所の実務視点

証憑と帳簿の整合性を平時から保つ

指摘の多くは「説明できない処理」から生まれます。領収書・請求書・契約書・通帳の動きが帳簿と一致していれば、調査官の質問にも根拠を示して答えられます。月次でこの整合を確認しておくことが、最も効果的な予防策です。

按分根拠と判断の理由を文書化する

家事按分や交際費の事業性は、判断の理由を残しておくことが重要です。「なぜこの割合なのか」「なぜ事業に必要なのか」を一言メモとして残すだけでも、調査時の説明責任を果たしやすくなります。

顧問税理士による事前チェックを受ける

指摘されやすい論点は、業種や規模によってある程度予測できます。リーパル会計事務所では、調査対象になりやすい論点を事前に洗い出し、想定される質問への回答を整理したうえで調査に臨む支援を行っています。仮に修正が必要になった場合でも、修正申告のやり方や追徴課税の計算方法を理解しておけば、追加負担を最小限に抑えられます。

税務調査手続の一般的な流れは、国税庁が公表する税務手続に関する情報でも確認できます。最新の取り扱いは公式情報とあわせてご判断ください。

よくある質問（FAQ）

Q. 税務調査では必ず何かしらの指摘を受けるのでしょうか。
A. 必ずしも指摘があるとは限りません。帳簿と証憑が整い、処理の根拠を説明できる状態であれば、是認（指摘なし）で終わることもあります。指摘の有無は準備の質に大きく左右されます。

Q. 軽微なミスでも修正申告が必要になりますか。
A. 課税所得に影響するミスであれば、金額の大小にかかわらず修正の対象になります。ただし、計上時期のズレのように翌期で解消されるものは、影響額が限定的な場合もあります。

Q. 経費の按分はどの程度の根拠があれば認められますか。
A. 面積比率・使用時間・走行距離など、第三者が見て合理的だと判断できる客観的な基準が必要です。割合だけでなく、その算定根拠を記録しておくことが重要です。

Q. 指摘されやすい論点は事前に把握できますか。
A. 業種・規模・取引形態によって、指摘が集中しやすい論点はある程度予測できます。顧問税理士による事前チェックで、自社のリスクを洗い出しておくことをお勧めします。

監修

本記事は、公認会計士・税理士の鳥羽卓朗が監修しています。税務調査の指摘事項は、業種・規模・取引実態によって重点が異なります。自社のリスクを具体的に把握したい経営者の方は、リーパル会計事務所までお気軽にご相談ください。

参考資料

• 税務手続に関する情報