「期末の在庫を、税務調査でどこまで見られるのか」「海外向けに販売した分の消費税は還付されるのか」。ネットショップやせどりなど、EC・物販を法人で営む経営者から、税務についてこうした相談をいただきます。EC・物販は在庫管理や越境取引、電子取引データの保存など、デジタルならではの税務論点が多い業種です。

本記事では、EC・物販の法人の税務について、棚卸資産（在庫）の評価、越境ECの輸出免税と消費税還付、プラットフォーム課税、電子帳簿保存法までを、2026年6月時点の国税庁の一次情報に基づいて整理します。年度で取り扱いが変わる数値は、その旨を明記します。

棚卸資産（在庫）の評価と税務調査

EC・物販の税務で最も基本かつ重要なのが、在庫（棚卸資産）の管理です。売上原価は「期首棚卸＋当期仕入−期末棚卸」で計算するため、期末の在庫を計上し忘れると売上原価が過大になり、利益が過少に申告されてしまいます。これは税務調査で頻繁に問われる論点です。とくにEC・物販は、多品種・少額の在庫が複数の倉庫やフルフィルメントサービスに分散しやすく、計上漏れが起きやすい構造にあります。

在庫の評価方法を税務署に届け出ていない場合、法定の評価方法は最終仕入原価法（事業年度終了時に最も近い時期の取得単価で評価する原価法）になります。評価方法を選定する場合は、法人設立等の事業年度の確定申告書の提出期限までに届け出ます。期末には、外注先に預けている在庫や、まだ手元に届いていない仕入分（未着品）も含めて、正確に棚卸を行うことが大切です。

越境EC・輸出物販の消費税還付

海外の顧客に商品を販売する越境ECや輸出物販では、消費税の輸出免税が適用されます。国内から国外への商品の販売（輸出）は消費税が免税（0%課税）となる一方、仕入れの際に支払った消費税は控除できるため、輸出の割合が高い事業者は消費税の還付を受けられることがあります。

ただし、還付を受けるには前提があります。第一に、課税事業者であること（免税事業者は還付申告ができません）。第二に、原則課税で申告すること（簡易課税では還付を受けられません）。さらに、輸出免税の適用には証明書類の保存（7年間）が必要です。通関する貨物は税関長が証明する輸出許可書、郵便物（20万円以下の小包・EMS等）は日本郵便の引受証明と発送伝票の控えなどが該当します。これらの保存がないと、免税・還付が否認されるおそれがあります。消費税還付の基本は、消費税の還付を受ける方法｜対象となるケースと申告手続きの流れもあわせてご参照ください。

プラットフォーム課税と電子帳簿保存法

令和7年4月1日から、プラットフォーム課税という制度が始まりました。これは、国外事業者がデジタルプラットフォームを通じて行う「消費者向け電気通信利用役務の提供」（アプリ配信や電子書籍など）について、一定規模（対象取引が課税期間で50億円超）の特定プラットフォーム事業者が、役務提供者に代わって申告納税する制度です。

ここで誤解されやすいのが、この制度の対象です。プラットフォーム課税は電気通信利用役務（デジタルサービス）が対象であり、有体物（モノ）を販売する物販は対象外です。ネットショップやせどりで商品を販売する法人に、この制度による新たな納税義務が直接生じるわけではありません。

一方、EC・物販の事業者が必ず対応すべきなのが電子帳簿保存法です。ECサイトでダウンロードする領収書やPDFの請求書、メールに添付された請求書などは電子取引データに該当し、2024年1月から電子データでの保存が義務化されています（紙に印刷して保存するだけでは要件を満たしません）。保存には、真実性の確保（タイムスタンプや訂正・削除の履歴、事務処理規程の整備のいずれか）と、日付・金額・取引先で検索できる可視性の確保が求められます。電子帳簿保存法の詳細は、電子帳簿保存法の対応方法を完全解説で解説しています。

よくある質問（FAQ）

Q1. 在庫の計上を忘れると、どうなりますか？

A. 売上原価が過大になり、利益が過少に申告されます。税務調査ではこの在庫計上漏れが頻繁に指摘され、利益操作とみなされると追徴課税につながります。期末には、預け在庫や未着品も含めて正確に棚卸を行うことが重要です。

Q2. 海外向けに販売した分の消費税は戻りますか？

A. 輸出は消費税が免税となり、仕入れで支払った消費税は控除できるため、輸出割合が高ければ還付を受けられることがあります。ただし、課税事業者であること、原則課税で申告すること、輸出を証明する書類を保存していることが前提です。

Q3. プラットフォーム課税で、ネットショップにも納税義務が生じますか？

A. プラットフォーム課税はデジタルサービス（電気通信利用役務）が対象で、モノを販売する物販は対象外です。商品を販売するネットショップやせどりの法人に、この制度による新たな納税義務が直接生じるわけではありません。

Q4. ECサイトの領収書は印刷して保存すればよいですか？

A. いいえ。ECサイトでダウンロードする領収書やPDF請求書などの電子取引データは、2024年1月から電子データのまま保存することが義務化されています。紙への印刷だけでは要件を満たしません。検索機能などの保存要件への対応が必要です。

Q5. 在庫の評価方法は届け出が必要ですか？

A. 評価方法を選定する場合は、設立等の事業年度の確定申告書の提出期限までに届け出ます。届け出ない場合は、法定の評価方法である最終仕入原価法で評価することになります。

参考資料

• 国税庁：No.6551 輸出取引の免税
• 国税庁：No.6568 国外事業者が行うデジタルサービスに係る課税（プラットフォーム課税）
• 国税庁：電子帳簿等保存制度特設サイト

EC・物販の法人の税務は、在庫評価、越境ECの輸出免税、電子取引データの保存という、デジタルビジネスならではの論点が中心です。在庫の計上漏れと帳簿の不備は税務調査の二大リスクですが、仕組みで対応すれば防げます。

リーパル会計事務所では、1,100社以上の関与実績とクラウド会計導入支援の知見をもとに、在庫管理システムとfreee・マネーフォワードクラウドの連携、電子取引データの保存体制づくり、越境ECの消費税還付の証憑整備までをサポートしています。EC・物販の税務に不安のある経営者の方は、お気軽にご相談ください。

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監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、EC・物販をはじめとする中小企業の税務・税務調査対応を専門とする。

最終更新日: 2026年6月29日