最終更新日: 2026年4月21日

年末調整の必要書類一覧｜従業員・経理担当者が準備すべき書類と注意点

年末調整は、毎年10月〜12月にかけて会社が従業員の所得税を精算する手続きです。「今年はどの書類が必要なの？」「従業員から集める書類の種類が増えていて把握しきれない」という担当者の方のために、必要書類を網羅的に整理しました。リーパル会計事務所の税理士が、従業員側・経理担当者側それぞれの視点から解説します。　まず押さえるべき主要書類は、従業員側が「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」「基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書」「給与所得者の保険料控除申告書」「（住宅ローン控除2年目以降の方は）住宅借入金等特別控除申告書」の4種です。各書類の概要・添付書類は本文の一覧表で確認できます。

まずここを押さえる｜年末調整とは？確定申告との違い

年末調整は、毎月の給与から源泉徴収（天引き）されてきた所得税と、1年間の実際の税額を精算する手続きです。

年末調整の対象者

• 年間を通じて同一の勤務先に勤めている給与所得者
• 年の途中で就職し、年末まで在籍している人
• 年の途中で退職した人でも、再就職先で年末調整が行われる場合

確定申告が別途必要なケース

年末調整を受けた場合でも、以下の方は確定申告が必要です。

2. 従業員が提出すべき書類一覧

全従業員に共通する書類

該当する場合に必要な書類

2024年以降に変更・追加された書類

リーパル会計事務所では、確定申告の準備段階からfreee・マネーフォワードクラウドの設定支援、青色申告の届出、税額シミュレーションまでを一括でサポートしています。「自分でやれる範囲を超えていないか」を一度棚卸しすることが、もっとも大きな節税につながります。

3. 経理担当者が準備・収集すべき書類

従業員から収集する書類

1. 上記「従業員が提出すべき書類」のすべて
2. 各種控除証明書の原本または写し

会社側が作成・保管する書類

提出が必要な書類と期限

4. 書類収集のスケジュール

5. 書類の不備・未提出への対応

従業員が書類を提出しなかった場合

申告書（扶養控除等申告書）が提出されなかった場合、その従業員の税額は控除なしで計算されます。扶養控除・各種保険料控除が反映されないため、通常より多く源泉徴収されることになります。

提出期限（12月の給与計算締め日まで）を周知し、未提出者へのリマインドを徹底することが大切です。

令和8年分については、基礎控除の引上げなどの改正が令和8年12月1日に施行されるため、申告書の記載内容にも変更点があります。改正で新たに扶養控除等の対象となった親族については、扶養控除等申告書の「異動月日及び事由」欄への記載が必要です。詳しくは【令和8年分】年末調整の変更点と実務対応をご確認ください。

控除証明書が届いていない場合

生命保険料控除証明書などが届いていない場合、その控除は反映できません。保険会社へ再発行を依頼する時間が確保できない場合は、確定申告で後から控除を申告することも可能です。

住宅ローン控除に必要な書類については「年末調整の還付金はいくら？」もあわせてご覧ください。

6. 電子化・デジタル対応の最新動向

2022年以降、年末調整のデジタル化が進んでいます。

マイナポータルと連携した年末調整では、生命保険料控除証明書・iDeCoの控除証明書などを電子データで自動取得できます。従業員の書類管理の手間を大幅に削減できるため、中小企業でも積極的に導入する価値があります。

クラウド給与ソフトでの具体的な進め方はfreee・マネーフォワードで年末調整を行う手順【令和8年分】で、改正対応の確認ポイントとあわせて解説しています。

確定申告との関係については「個人事業主の確定申告のやり方完全ガイド」も参考にしてください。

ここまでの判断基準を読んでもご自身の状況に当てはめにくい場合は、リーパル会計事務所の税理士に直接ご相談いただくのが最短です。所得・控除・帳簿状況をヒアリングしたうえで、必要な対応を具体的にお伝えします。

よくある質問（FAQ）

Q1. 年の途中で入社した従業員の年末調整はどうすればいいですか？
前職がある場合は前職の源泉徴収票を提出してもらい、当社分と合算して年末調整を行います。前職の源泉徴収票が間に合わない場合は、本人が確定申告で精算することになります。

Q2. 配偶者控除と配偶者特別控除の違いは何ですか？
配偶者の合計所得が62万円以下（給与収入のみの場合は136万円以下）であれば「配偶者控除」が適用されます（令和8年分。令和7年分は58万円・給与123万円）。合計所得が62万円超133万円以下の場合は「配偶者特別控除」が適用されます。控除額は配偶者の所得と本人の所得によって変わります。

Q3. iDeCoの掛金は年末調整で控除できますか？
はい。iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金は「小規模企業共済等掛金控除」として年末調整で控除できます。控除証明書（国民年金基金連合会から送付）を提出してください。

Q4. 扶養控除等申告書を複数の会社に提出してよいですか？
いいえ。扶養控除等申告書は年間で1社のみに提出できます。複数の勤務先がある場合、申告書を提出できるのは「主たる勤務先」の1社のみです。

Q5. 年末調整で書類を出し忘れた場合はどうなりますか？
年末調整で申告できなかった控除は、翌年の確定申告で申告することが可能です。5年間さかのぼって申告できるケースもあります。

まとめ

年末調整の書類管理は、従業員側と経理担当者側の両方が正確に対応することで初めて完結します。10月から準備を始め、書類の種類と提出期限を明確に周知することが、スムーズな年末調整の鍵です。

デジタル化の進展により、マイナポータルやクラウド給与ソフトを活用することで書類管理の負担を大幅に軽減できるようになっています。

リーパル会計事務所へのご相談

リーパル会計事務所は、PwCあらた出身の公認会計士・税理士 鳥羽 卓朗が代表を務める会計事務所です。1,100社以上の関与実績を持ち、給与計算・年末調整・社会保険手続きまで幅広くサポートしています。神戸・横浜・東京・大阪・札幌の5拠点対応で、完全フルリモートにも対応しています。

年末調整の準備や手続きに関するご相談は、お気軽にお問い合わせください。

リーパル会計事務所では、個人事業主の確定申告・節税対策について、これまで1,100社以上の関与実績をもとにご相談をお受けしています。freee・マネーフォワードクラウド両対応の認定アドバイザーとして、クラウド会計を活用したリアルタイムな経営支援を提供しています。

関連記事

• 個人事業主の確定申告のやり方完全ガイド
• 青色申告と白色申告の違いを比較
• 確定申告で認められる経費一覧

参考資料

• 国税庁・確定申告

監修者: 鳥羽 卓朗（公認会計士・税理士）
リーパル会計事務所 代表。PwCあらた有限責任監査法人出身。1,100社以上の関与実績を持ち、個人事業主の確定申告・所得税実務を専門とする。

最終更新日: 2026年5月2日