freee人事労務で年末調整を進める手順｜従業員への依頼から源泉徴収票まで

freee人事労務で年末調整を始めるとき、何を先に設定し、いつ従業員へ入力を頼めばよいか迷っていませんか。まず対象者と税金の過不足を精算する月を決め、入力依頼、内容の確認、計算の確定へ進みます。確定後も、給与への還付・追徴の反映と、源泉徴収票などの書類の交付・提出まで確認が必要です。

この記事では、令和8年分を例に、freee人事労務での作業の順番と確認事項、源泉徴収票の提出先を説明します。

freee人事労務での年末調整の全体の流れ

freeeのヘルプfreee『freee人事労務での年末調整の流れ』は、作業を次の段階に分けています。右の列は、その段階で国税庁の資料に照らして確かめておきたい点です。

なお、freeeのヘルプによると、契約内容によっては「従業員による入力」「還付・追徴の計算」「電子申告」のいずれかが使えない場合があります。自社の契約で使える機能は、作業を始める前にヘルプで確かめておくと、途中で手順を組み替えずに済みます。

始める前に決めること：精算する月と対象者

還付・追徴をどの月の給与で精算するか

freeeの基本情報の設定では、年末調整で出た所得税の過不足を何月に精算するかを選びます。12月を選んだ場合は、11月までの給与明細を確定してから年末調整を行い、年末調整が終わってから12月の給与明細を確定します。翌年1月を選んだ場合は、12月までの給与明細を確定してから年末調整を行い、その後に翌年1月の給与明細を確定します。

一方、国税庁『令和8年分 年末調整のしかた』は、年末調整はその年の最後に給与の支払をする時に行うもので、通常は12月に行うとしています。12月の給与で精算しない運用にする場合は、源泉所得税の納付の月もずれるため、事前に顧問の税理士と扱いを確認しておくと安心です。

もう1つ確かめたいのが、給与の「支給日」です。国税庁の年末調整Q&Aは、翌月10日払いの会社で12月の勤務分を翌年1月10日に支給する場合、その給与は支給日に収入が確定するため、その年の年末調整の対象にならないとしています。年末調整に含める給与は、勤務した月ではなく支給日で年を判定します。

年末調整の対象になる人・ならない人

年末調整は、原則として給与の支払者に扶養控除等（異動）申告書を提出している人の全員について行います。ただし、例外があります。令和8年分の区分は次のとおりです。

freeeでは、在籍している従業員が年末調整の画面に並びます。対象にならない人を画面上で外し忘れると、計算結果や提出書類に混ざります。入力依頼を送る前に、この表で一人ずつ振り分けておくと後の手戻りが減ります。

中途入社の人は前職の源泉徴収票がそろうか

年の中途で就職した人は、就職前に他の会社から扶養控除等（異動）申告書を出して受けた給与があれば、それを含めて年末調整をします。その金額は前職の「給与所得の源泉徴収票」などで確かめます。国税庁のタックスアンサーは、この確認ができないときは年末調整を行うことはできず、本人が確定申告で精算するとしています。前職の源泉徴収票は、入力依頼と同時に提出を頼んでおくと集めやすくなります。

初期設定と入力依頼の進め方

freeeのヘルプでは、年末調整の前に、freeeマイナンバー管理の管理者設定が必要とされています。基本情報の「事業所情報」には、年末調整の申告を行う年の1月1日時点の情報を入力します。所在地や代表者が年の途中で変わった会社は、どの時点の情報を入れるかに注意します。

申告内容の入力は、「管理者がまとめて入力する」か「従業員に入力してもらう」かを選べます。従業員に入力してもらう場合は、入力依頼の通知メールを送り、従業員はメール内のURLから入力を始めます。このとき、あらかじめ従業員のメールアドレスを登録しておく必要があります。ログインIDで招待した従業員にはメールでの入力依頼を送れないため、チャットや書面など別の手段で知らせます。

従業員が会社に出す申告書は、国税庁の資料では次の4つのまとまりで確認します。freeeの入力画面（本人情報・家族情報・保険料・住宅ローン・収入）は、これらの申告書の内容を画面で集める形になっています。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 基礎控除申告書・配偶者控除等申告書・特定親族特別控除申告書・所得金額調整控除申告書
• 保険料控除申告書
• 住宅借入金等特別控除申告書

従業員から集める書類の一覧は年末調整の必要書類一覧で、令和8年分の控除額の変更は令和8年分の年末調整の変更点で詳しく扱っています。

申告内容の確認と計算結果の確定

従業員の入力が終わったら、管理者が申告内容を確認し、誤りがあれば差し戻します。freeeでは、各従業員の画面で住民税の徴収方法も確認します。給与支払報告書の提出先や、特別徴収・普通徴収の人数に影響するためです。

確認の段階で見ておきたいのは、次のような点です。

• 扶養控除等（異動）申告書の内容がそろっているか（年末調整の対象かどうかの前提）
• 中途入社の人の前職分の給与・源泉徴収税額・社会保険料が入っているか
• 保険料を支払ったことの証明書類の金額と、入力された金額が合っているか
• 扶養親族の判定に年末の状況が反映されているか（控除対象扶養親族かどうかは12月31日の現況で判定）

確認が終わったら、従業員ごとに計算結果を確認して確定します。確定した後に内容を直したい場合は、freeeでは「計算結果の確定」をいったん解除する必要があり、解除すると年末調整が再計算されます。解除する前に、それまでの書類を出力しておくようfreeeのヘルプは案内しています。

還付・追徴の反映と源泉所得税の納付

freeeの基本情報で「給与明細に反映する」または「賞与明細に反映する」を選んでいれば、年末調整の確定時に還付・追加徴収の金額が明細に自動で反映されます。税法上の精算のしかたは、国税庁のタックスアンサーで次のように示されています。

不足額を一度に徴収すると、その月の税引手取給与が1月から前月までの平均月額の70パーセント未満になる人については、「年末調整による不足額徴収繰延承認申請書」をその年最後に給与を支払う日の前日までに税務署へ出し、承認を受ければ、不足額を翌年1月と2月に繰り延べて徴収できます。

還付・徴収を反映した後の源泉所得税は、原則として給与を支払った月の翌月10日までに納付します。納期の特例を受けている会社は、7月から12月までに源泉徴収した分を翌年1月20日までに納付します。年末調整で還付が多く出た月は納付額が小さくなるため、納付書の金額が例月と違っても、精算の結果かどうかを確かめれば足ります。

源泉徴収票の交付と、令和8年分から変わる提出先

従業員への源泉徴収票の交付

給与所得の源泉徴収票は、税務署への提出範囲に関係なく、すべての受給者に翌年1月31日までに交付します（年の中途で退職した人は退職の日以後1か月以内）。freeeでは、計算結果の確定後に源泉徴収票を従業員の画面に公開できます。紙の代わりに画面で渡す方法は、国税庁が「電磁的方法による提供」として認めていますが、あらかじめ受給者の承諾を得るなどの要件があり、受給者から請求があれば書面で交付します。

市区町村と税務署への提出

令和8年分から、提出の形が変わります。国税庁の国税庁『源泉徴収票のみなし提出の特例 特設ページ』によると、令和9年1月1日以後に提出すべき源泉徴収票（令和8年分以後）は、市区町村に給与支払報告書を提出すれば、税務署へ源泉徴収票を提出したものとみなされます。

表の「翌年1月31日」のような期限が日曜日や祝日などに当たるときは、国税の書類の提出や納付は国税通則法10条2項により、地方税の給与支払報告書は地方税法20条の5第2項により、それぞれその翌日が期限とみなされます。令和8年分では2027年1月31日が日曜日にあたるため、税務署への法定調書合計表などと市区町村への給与支払報告書の提出期限は2027年2月1日（月）になります。

freeeのヘルプの提出書類の一覧には、令和7年分までの提出範囲（役員は150万円超、従業員は500万円超など）が載っている箇所があります。令和8年分の提出は、上の国税庁の扱いを基準にし、画面に表示される提出先一覧と突き合わせて判断します。また、源泉徴収票と支払報告書を同時に作成・提出できた「eLTAXでの電子的提出の一元化機能」は、2026年9月で終了しています。

年末調整の後で内容が変わったとき

12月の給与で年末調整を終えた後に、従業員から「扶養親族が増えた」と申し出があることがあります。控除対象扶養親族かどうかは12月31日の現況で判定するため、本人から扶養控除等異動申告書を出してもらえば、翌年1月に源泉徴収票を交付する時まで年末調整の再計算ができます。再計算をせず、本人が確定申告で還付を受ける方法もあります。

freeeで再計算する場合は、次の点に気をつけます。

• 源泉徴収票を従業員に公開していると、確定を戻すボタンが表示されないため、いったん非公開にする
• 還付・追徴を反映した明細をすでに支給しているときは、次月の給与で差額を調整する
• 差額調整をfreee会計に連携すると、追加徴収の勘定科目が「雑収入」で反映されるため、必要に応じて「預り金」に直す

年末調整の後に給与の追加払いをすることになった場合も、追加払いを含めて年税額を計算し直し、先の年末調整との差額を精算します。

まとめ：freeeの手順と税法の確認点を並べて進める

• freee人事労務の年末調整は、事前設定、入力、確認、確定、反映、提出の順に進む
• 精算する月（12月か翌年1月か）は初期設定で決める。国税庁の資料は、年末調整はその年の最後の給与の支払時に行い、通常は12月としている
• 対象者は扶養控除等（異動）申告書の提出と、2,000万円超・中途退職などの例外で振り分ける
• 過納額は源泉徴収税額から差し引いて還付し、不足額は給与から徴収する
• 令和8年分からは、給与支払報告書を市区町村に出せば、税務署への源泉徴収票の提出は不要になる。従業員への交付は1月31日までに全員分

画面の操作はfreeeのヘルプで、判断の分かれ目は国税庁の資料で確かめる、という分担で進めると迷いが少なくなります。

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freeeとマネーフォワードの年末調整の手順を並べて確認したい方は、年末調整の準備は？freee・マネーフォワードの手順【令和8年分】もあわせてご覧ください。

よくある質問

Q. スマートフォンでの入力が難しい従業員がいる場合はどうしますか？

freeeでは、管理者が従業員の申告内容を入力することもできます。その場合は、事前に年末調整の申告書を配って記入・提出してもらい、回収した内容を管理者が画面に入力します。一部の従業員だけ管理者が入力する進め方もできます。

Q. 扶養控除等（異動）申告書を出していないアルバイトも年末調整しますか？

扶養控除等（異動）申告書を出していない人（乙欄の人）は、年末調整の対象になりません。その人は自分で確定申告をして税額を精算することになります。1か所からだけ給与を受けている人が申告書を出していない場合は、年末調整を行う時までに出すよう案内することが、国税庁の資料で求められています。

Q. 令和8年分は税務署に何も出さなくてよいのですか？

給与支払報告書を市区町村に出せば、給与所得の源泉徴収票は税務署に出したものとみなされます。ただし、退職所得の源泉徴収票や報酬・料金の支払調書など、ほかの法定調書を税務署に出す会社は、それらについて法定調書合計表を提出します。従業員への源泉徴収票の交付も、これまでどおり必要です。

Q. 前職の源泉徴収票を出してもらえない中途入社の人はどうなりますか？

前職で受けた給与の金額や源泉徴収された税額を確認できないときは、年末調整を行うことはできません。その人は、確定申告で所得税を精算することになります。freeeの画面では、前職分を入力しないまま計算を確定しないよう、入力依頼の段階で前職の源泉徴収票の提出を頼んでおくと進めやすくなります。

この記事は公認会計士・税理士の鳥羽卓朗が監修しています。
最終更新日: 2026年11月1日

参考資料

• 国税庁『令和8年分 年末調整のしかた』
• 国税庁『令和8年分 年末調整Q&A』
• 国税庁 タックスアンサーNo.2675 年末調整の過不足額の精算
• 国税庁 タックスアンサーNo.7411「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数等
• 国税庁『源泉徴収票のみなし提出の特例 特設ページ』
• freee ヘルプセンター『freee人事労務での年末調整の流れ』