freeeに保存した領収書は捨ててよい？電子帳簿保存法の設定と確認点

freeeに紙の領収書を取り込んだら、原本はもう捨ててよいのか迷っていませんか。紙を捨てるには、入力期限や画像の確認など、スキャナ保存の要件を満たす必要があります。メールなどで受け取った請求書は、データのまま保存します。

この記事では、法人・個人事業主向けに、freeeでの保存方法と社内ルール、検索に必要な情報の確認点を整理します。

制度の全体像は電子帳簿保存法の対応方法の記事をご覧ください。

電子帳簿保存法の4つの区分とfreeeの機能

電子帳簿保存法は、事業で生じる帳簿と書類を4つの区分に分けて、区分ごとに保存の要件を定めています。freeeのヘルプでは、それぞれの区分に次の機能が対応すると説明されています（freee『電子帳簿保存法の概要・手続について』）。

このうち、紙で保存する義務がある帳簿と書類を電子で保存できるという部分は、利用者が選ぶものです。一方で、電子で受け取ったデータは原則としてそのまま電子で保存しなければならず、ヘルプでも電子取引の保存は法令上の義務なので必ず対応が必要とされています。最初に、どの区分を電子で保存するかを決めることから始めます。

始める前に整える社内ルールと機器

電子で保存を始めるには、区分ごとに社内のルールを整える準備が法令上求められています。freeeのヘルプでは、必要な準備が次のように整理されています（freee『電子帳簿保存法の開始準備をする』）。

電子取引の事務処理の規程は、国税庁も一問一答の中で、規程に定める事項の例を示しています。規程は事業の規模などに応じて定めるもので、国税庁のページでは各種の規程のサンプルもダウンロードできます（国税庁『電子帳簿保存法一問一答（Q&A）』）。テンプレートを使う場合も、自社の運用と合っていない部分は必ず書き換え、従業員に周知します。

紙で受け取った証憑をスキャナ保存する

紙で受け取った請求書や領収書は、freeeではファイルボックスに取り込んで電子で保存します。国税庁の一問一答では、スキャナ保存の主な要件として次のものが挙げられています。

• 入力期間の制限（重要書類は、受け取ってから速やかに入力する。規程を定めている場合は、業務の処理に係る通常の期間を経過した後速やかに入力する）
• 200dpi以上の解像度で読み取る
• カラー画像で読み取る（一般書類はグレースケールでもよい）
• タイムスタンプの付与（入力したことを確認できる場合はそれで代えられる）
• 訂正・削除の事実と内容を確認できること（ヴァージョン管理）
• 帳簿との相互関連性の保持、見読可能装置の備付け、検索機能の確保

重要書類とは、契約書・納品書・請求書・領収書のように資金や物の流れに直結する書類で、見積書や発注書などの一般書類とは要件が一部異なります。入力の期間は、受け取ってから速やか（おおむね7営業日以内）に入力するのが原則で、受領から入力までの事務の処理に関する規程を定めている場合に限り、業務の処理に係る通常の期間（最長2か月）を経過した後速やかに入力できます。freeeのヘルプが案内する「約70日以内」は、この規程を定めている場合の上限です。期間を過ぎた場合は紙で保存する必要があると案内されています。

freeeのファイルボックスでは、アップロード以後の訂正・削除の履歴がすべて記録されます。運用で気をつけたい点は次のとおりです。

• 紙の原本を捨てる前に、アップロードしたデータが原本と同じで、折れやブレがなく読めることを確かめる
• 読み取りにくい画像をアップロードし直すときは、理由をメモ欄に残す
• 解像度や用紙サイズなどの記録事項は、アップロードから70日を過ぎると編集できなくなる
• どの書類をスキャナ保存の対象にするか（たとえば請求書と領収書は電子、契約書は紙）を社内ルールに書いておく

スキャナ保存の要件と手順をさらに詳しく知りたい場合は、スキャナ保存の記事も参考になります。

電子で受け取った証憑（電子取引データ）を保存する

メールで届いたPDFの請求書や、ECサイトからダウンロードした領収書などの電子取引データは、紙に印刷して保存する方法は認められず、電子データのまま保存する必要があります。国税庁の一問一答では、電子取引データの保存には、見読可能装置の備付け、検索機能の確保などに加えて、次のいずれかの措置を行うこととされています。

1. タイムスタンプが付された後に授受する
2. 速やかに（または業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに）タイムスタンプを付す
3. 訂正・削除を行った場合にその記録が残るシステム、または訂正・削除ができないシステムで授受・保存する
4. 訂正・削除の防止に関する事務処理規程を定め、備え付け、運用する

freeeのファイルボックスは訂正・削除の履歴が記録される仕組みですが、取り込み方によって社内ルールの要否が変わる点に注意が必要です。請求書が添付されたメールを専用のメールアドレスに転送して直接取り込む方法と違い、ECサイトの領収書をいったんダウンロードしてからアップロードする場合は、ダウンロードした時点で訂正・削除ができてしまうため、訂正・削除を原則として禁止する旨を社内ルールに記載する必要があるとヘルプで案内されています。

なお、タイムスタンプを付す方法を選ぶ場合、国税庁の一問一答では、最長で授受から2か月とおおむね7営業日以内に付与すればよいとされています（業務の処理に係る通常の期間を定めている場合）。

消費税の仕入税額控除のためのインボイスは、消費税法上は電子で受け取ったものを紙に出力して保存することも認められています。ただし、法人税法・所得税法の関係では電子帳簿保存法により電子データでの保存が必要なため、ヘルプでも電子取引データの電子保存に取り組む必要があるとされています。

検索の要件とfreeeでの探し方

スキャナ保存と電子取引データの保存では、保存したデータを探せることも要件です。国税庁の一問一答では、電子取引データについて次の検索機能を確保する必要があるとされています。

ファイルボックスの発行元・発行日・金額は、読み取り（OCR）で自動登録されますが、登録されていない場合は手で入力できます。ヘルプでは、これらの電子保存の情報はスキャナ保存・電子取引データの保存に対応して保存する場合の必須項目とされているため、正しく入力されているかを確かめてから保存します。読み取りの結果をそのままにすると、検索しても見つからない書類が残ります。

税務職員によるダウンロードの求めに応じることができるようにしている場合は、範囲指定と組み合わせの要件は不要になります。さらに電子取引データについては、判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者や、出力した書面を取引年月日その他の日付と取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている事業者は、ダウンロードの求めに応じることを条件に、検索機能の確保の要件そのものが不要とされています。紙の書類をスキャナ保存する場合はこの免除はなく、ダウンロードの求めに応じる場合でも、取引年月日その他の日付・取引金額・取引先で検索できることが必要です。自社が免除に当たるかは、基準期間の売上高などの実際の数字で確かめてください。

外部サービスと併用する場合と、対応が間に合わない場合

経費精算や請求書の受け取りに別のサービスを使い、freeeと連携している場合は、証憑をどちらに保存するかで確かめる点が変わります。freeeのヘルプでは、外部サービスと連携する場合、そのサービスの電子帳簿保存法への対応状況と運用によって、要件を満たすかどうかの個別の判断が必要とされています。

• 証憑をfreeeと外部サービスの両方に保存する場合：どちらを原本とするかの運用を決める。連携先がスキャナ保存・電子取引の要件（訂正・削除の履歴やタイムスタンプなど）を満たすか、連携の機能が検索の要件を満たすか（証憑とfreeeの取引がひも付くか）を確かめる。
• 証憑を外部サービスだけに保存する場合：連携先がスキャナ保存・電子取引の要件を満たすかを確かめる。

保存の要件を満たすシステムの整備が間に合わない場合について、国税庁の一問一答では、令和6年1月1日以後に行う電子取引は、税務署長が相当の理由があると認め、かつ、税務調査などの際に電子データと出力書面の提示などに応じられる場合に、保存時の要件にかかわらず電子データを保存できる猶予措置があると説明されています。ただし、出力書面だけを保存する方法は認められず、電子データそのものも保存しておく必要があります。

まとめ：区分を決め、ルールを書き、検索できる形で保存する

• 帳簿・決算書類・紙の証憑の電子保存は選択、電子で受け取ったデータの電子保存は義務です。最初にどの区分を電子で保存するかを決めます。
• 事務手続の書類や訂正・削除の防止の規程は、freeeのテンプレートや国税庁のサンプルを使い、自社の運用に合わせて定めます。
• 紙の重要書類は、受け取ってから速やか（おおむね7営業日以内）に、規程を定めている場合でも約70日以内にファイルボックスへ保存し、原本と同じで読めることを確かめてから原本を捨てます。
• 発行元・発行日・金額が正しく入力されているかを確かめ、日付・金額・取引先で探せる状態にしておきます。
• 外部サービスと併用する場合は、連携先の対応状況と、証憑とfreeeの取引のひも付けを確かめます。

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よくある質問

Q. 紙の領収書は、ファイルボックスに保存したらすぐ捨ててよいですか？

freeeのヘルプでは、ファイルボックスに保存できたことを確かめた後に紙の原本を廃棄できるとしています。そのうえで、アップロードしたデータが原本と同じで、折れやブレがなく読めることを廃棄の前に確認するよう案内されています。重要書類の入力は、受け取ってから速やか（おおむね7営業日以内）が原則で、受領から入力までの事務の処理に関する規程を定めている場合に限り、業務の処理に係る通常の期間（最長2か月）を経過した後速やかに入力できます（freeeのヘルプが案内する「約70日以内」はこの場合の上限です）。この期間を過ぎてしまった場合は、紙で保存する必要があります。また、どの書類を電子で保存するかを社内ルールに書いておくことが前提です。

Q. メールで受け取ったPDFの請求書を、印刷して紙で保存すれば足りますか？

令和6年1月以降の電子取引データは、紙に印刷して保存する方法では足りず、電子データのまま、訂正・削除の防止の措置や検索の要件を満たして保存する必要があります。freeeの場合は、メールの転送やアップロードでファイルボックスに保存し、発行元・発行日・金額を登録しておきます。

Q. 売上が小さい会社や個人事業者でも、検索機能は必要ですか？

電子取引データについては、判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下で、税務職員からのダウンロードの求めに応じることができるようにしている場合は、検索機能の確保の要件は不要とされています。ただし、データそのものは保存しておく必要があり、ダウンロードの求めに応じられる状態にしておくことが条件です。スキャナ保存したデータには売上高による免除はなく、日付・金額・取引先での検索が必要です。

Q. 電子で保存したデータは、何年保存すればよいですか？

電子帳簿保存法は保存の方法の特例を定めた法律なので、保存期間はそれぞれの税法で定められた期間になります。法人の帳簿書類は、確定申告書の提出期限の翌日から7年間（欠損金が生じた事業年度などは10年間）です。個人事業者は、帳簿や書類の種類などによって7年間または5年間です。

Q. 事務処理規程は、自分で一から作る必要がありますか？

一から作る必要はありません。国税庁は一問一答で規程に定める事項の例を示し、規程のサンプルも公開しています。freeeも社内ルールのテンプレートを用意しています。ただし、規程は事業の規模などに応じて定めるものとされているため、自社の実際の運用に合わせて書き換えたうえで、規程どおりに運用することが大切です。

この記事は公認会計士・税理士の鳥羽卓朗が監修しています。
最終更新日: 2026年11月1日

参考資料

• 国税庁「電子帳簿保存法一問一答（Q&A）」
• 国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」
• 国税庁「電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】（令和8年7月）」
• 国税庁 タックスアンサー No.5930 帳簿書類等の保存期間
• freee ヘルプセンター「電子帳簿保存法の概要・手続について」
• freee ヘルプセンター「電子帳簿保存法の開始準備をする」