インボイス登録後、初めての消費税申告はいつ？準備する帳簿と期限

インボイスに登録したものの、初めての消費税申告で何を集め、いつまでに出すのか迷っていませんか。免税事業者が登録した場合、最初に集計するのは登録日以後の取引です。法人か個人事業主かで申告期限が異なり、選ぶ計算方法によって準備する帳簿や書類も変わります。

この記事では、最初の申告の対象期間と期限、売上げの集計から申告書の提出・納付までの進め方を整理します。登録日の前後で取引を分け、税率ごとに集計できる帳簿を用意するところから始めましょう。

最初の申告の対象になる期間：登録日から課税事業者になる

免税事業者がインボイス発行事業者の登録申請をした場合、登録を受けた日から課税事業者となる経過措置が設けられています。消費税の課税期間は、原則として個人事業者は暦年（1月1日から12月31日まで）、法人は事業年度です。

年の途中や事業年度の途中で登録を受けた場合、その課税期間のうち登録日より前は免税事業者の期間、登録日以後は課税事業者の期間です。国税庁の2割特例用の手引きの設例でも、4月から登録を受けた個人事業者について、1月1日から3月31日までの売上げ（免税事業者の期間）と、4月1日から12月31日までの売上げ（インボイス発行事業者の期間）を分けて示しています。

また、免税事業者が登録を受けた場合は、原則として、登録日以後2年を経過する日の属する課税期間までの各課税期間は課税事業者になります。国税庁は、登録を取りやめたとしても同様だと案内しています。最初の申告が終わっても、少なくともこの期間は毎回の申告が続く前提で準備します。

申告と納付の期限：法人は2か月以内、個人事業主は3月31日

課税事業者は、課税期間ごとに、その課税期間の終了の日の翌日から2か月以内に、納税地の所轄税務署長に確定申告書を提出し、税金を納めます（国税庁『No.6601 申告と納税』）。

法人で申告期限を延ばしたい場合は、法人税の申告期限の延長の特例を受けていることが前提で、「消費税申告期限延長届出書」を提出します。延長されるのは申告の期限で、延長された期間の消費税の納付には利子税がかかる点を、国税庁はNo.6610で案内しています。

中間申告が必要かどうかは、直前の課税期間の消費税の年税額で決まり、年税額が48万円を超える事業者が対象です。初回の申告で確定した年税額によっては、次の課税期間から中間申告が始まるので、申告書を出した後に確認しておきます。

計算方法で、集計する帳簿と保存する書類が変わる

消費税の納付税額は、売上げに係る消費税額から仕入れに係る消費税額を差し引いて計算します。仕入れに係る消費税額の出し方には、実額で計算する一般課税、みなし仕入率を使う簡易課税、インボイス制度を機に登録した小規模事業者向けの2割特例があり、どれを使うかで集計の手間と保存する書類が変わります。

2割特例について、国税庁の手引きは、実際の課税仕入れ等に係る消費税額を計算する必要はないが、課税売上げを税率の異なるごとに区分して集計する必要があるとしています。適用に事前の届出は要らず、確定申告書に2割特例の適用を受ける旨を付記すれば適用を受けられます（国税庁『２割特例の概要』）。

簡易課税は、届出書を出した課税事業者が、基準期間の課税売上高5,000万円以下の課税期間に使える方法です。免税事業者が登録を受けた日から課税事業者になる経過措置の適用を受ける場合は、登録開始日を含む課税期間中に簡易課税制度選択届出書を提出すれば、その課税期間から簡易課税を適用できます。

また、2割特例を適用して（または適用せずに）申告した後に、修正申告や更正の請求で2割特例を適用しないこととする（または適用する）ことは、原則としてできません。どれを使うかは、売上げと仕入れの実額で税額を試算しないと決まらないので、申告書を作る前に決めておきます。計算方法の比べ方は法人の消費税の計算方法と選び方で扱っています。

初回の申告までに整える帳簿と書類

課税事業者は帳簿を備え付け、取引の内容を記載して保存しなければなりません。国税庁のNo.6621では、資産の譲渡等（売上げ）を行った場合の帳簿の記載事項として、次の4つを挙げています。

1. 取引の相手方の氏名または名称
2. 取引年月日
3. 取引内容（軽減税率の対象品目である場合はその旨）
4. 税率の異なるごとに区分した金額

これらの事項を満たしていれば、所得税や法人税のための帳簿で差し支えないとされています。新しく別の帳簿を作るより、会計ソフトの仕訳に税区分（10%・8%・対象外など）を正しく付けて、税率ごとに集計できる状態にしておくのが現実的です。

なお、国税庁のタックスアンサーには、令和9年4月1日から令和11年3月31日までの2年間、飲食料品の譲渡について消費税率が引き下げられると記載されています。飲食料品を扱う事業者は、課税期間がこの期間にかかる場合、国税庁の消費税率引下げ特設サイトで税区分の扱いを確認しておきます。

売上げ側：交付したインボイスの写しを保存する

インボイス発行事業者には、取引の相手方（課税事業者に限る）の求めに応じてインボイスを交付する義務と、交付したインボイスの写しを保存する義務があります。インボイスには、登録番号、税率ごとに区分して合計した対価の額と適用税率、税率ごとに区分した消費税額等などを記載します。請求書を発行するソフトやテンプレートがこれらに対応しているかも、初回の申告までに見直しておきます。

仕入れ側：一般課税なら帳簿とインボイスの両方を保存する

一般課税で仕入税額控除を受けるには、区分経理に対応した帳簿と、インボイスなどの請求書等の両方を保存する必要があります（国税庁のNo.6496）。基準期間の課税売上高が1億円以下などの事業者は、令和11年9月30日までに行った税込1万円未満の課税仕入れについて、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められます。

帳簿は閉鎖の日、請求書等は受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間保存します。6年目と7年目は、帳簿と請求書等のいずれか一方を保存すればよいとされています。消費税の申告期限の延長を受けている法人の帳簿は、2か月ではなく3か月を経過した日から7年間です。法人税の帳簿書類は確定申告書の提出期限の翌日から7年間が原則で、青色申告で欠損金額が生じた事業年度などは10年間とされているので、法人は両方の定めに合わせて保存期間を決めます。

• 登録日の前と後で、売上げを分けて集計できるようにしているか
• 売上げの仕訳に、税率ごとの税区分が付いているか
• 交付したインボイスの写し（控えやデータ）を保存しているか
• 一般課税にする場合、仕入れのインボイスを帳簿と対応させて保存しているか
• 簡易課税にする場合、売上げを事業区分ごとに分けているか

申告書の作成と提出・納付のしかた

2割特例で申告する場合も、確定申告書第一表と第二表を使います。第一表は、簡易課税制度を選択している事業者は簡易課税用を、選択していない事業者は一般用を使い、税率別の消費税額は付表6で計算します（国税庁『消費税及び地方消費税の確定申告の手引き（２割特例用）』）。

申告書は、e-Taxで提出するほか、郵便などで送付するか、所轄の税務署の受付に提出します。個人事業主は、国税庁の確定申告書等作成コーナーで作成してe-Taxで提出することもできます。

納付は、ダイレクト納付などのキャッシュレス納付が使えます。振替納税は個人事業主だけが使える方法で、法人は使えません。国税庁の手引きは、期限内に納付するための納税資金の積立てなど、事前の準備も呼びかけています。免税事業者だったときには無かった支払が始まるので、申告期限から逆算して資金を確保しておきます。

2割特例が使えない課税期間の申告で確認すること

2割特例を適用できるのは、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間です。たとえば個人事業主の令和8年分（2026年1月1日から12月31日まで）は、この期間に含まれます。また、インボイスの登録と関係なく免税事業者にならない課税期間（基準期間の課税売上高が1千万円を超える場合、資本金1千万円以上の新設法人など）や、課税期間を1か月または3か月に短縮している場合は対象になりません。

2割特例が使えない課税期間の扱いは、個人事業主と法人で分かれます。

3割特例の主な要件は、個人事業者であること、基準期間（適用を受ける年の2年前）の課税売上高が1,000万円以下であること、インボイス発行事業者の登録を受けていることです（国税庁『令和８年度税制改正特集』）。

簡易課税は、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに届出書を出す必要があります。ただし、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間に簡易課税を使う場合は、その課税期間の申告期限までに届出書を出せば、その課税期間から適用を受けられます（翌課税期間が令和8年9月30日以前に終わる場合はその課税期間の末日まで。申告期限の延長の特例を受ける法人は延長後の期限まで）。どちらで申告するかは、その期の売上げと仕入れの実額で試算してから決めます。2割特例の終了時期の詳細はインボイスの2割特例はいつ終了するかで扱っています。

まとめ：期間・期限・集計の単位を先に決める

• 免税事業者が登録を受けると、登録日から課税事業者になる。最初の申告は登録日以後の取引が対象
• 原則として登録日以後2年を経過する日の属する課税期間までは、登録を取りやめても課税事業者
• 申告と納付の期限は、法人が課税期間の末日の翌日から2か月以内、個人事業主が翌年3月31日
• 2割特例・簡易課税は売上げを税率ごとに集計。一般課税は仕入れの帳簿とインボイスも保存
• 交付したインボイスの写しの保存は、どの計算方法でも必要
• 2割特例が使えない期間は、個人事業主は3割特例・一般課税・簡易課税、法人は一般課税か簡易課税

初回の申告は、登録日で売上げを分けることと、税率ごとの集計ができる帳簿にしておくことが準備の中心です。

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よくある質問

Q. 登録した日より前の売上げも、最初の申告に含めますか？

登録日より前は免税事業者の期間なので、課税事業者として集計するのは登録日以後の取引です。国税庁の2割特例用の手引きの設例でも、4月から登録した個人事業者の売上げを、3月31日までと4月1日以後に分けて示しています。帳簿の段階で登録日の前後を区別しておくと、集計の誤りを防げます。

Q. 2割特例を使うのに、事前の届出は必要ですか？

事前の届出は不要です。確定申告書に2割特例の適用を受ける旨を付記することで適用を受けられます。課税期間ごとに、2割特例を使うかどうかを判断できます。

Q. 申告した後で、2割特例から一般課税に切り替えられますか？

国税庁の手引きでは、2割特例を適用して（または適用せずに）申告した後に、修正申告や更正の請求で、2割特例を適用しないこととする（または適用する）ことは原則としてできないとされています。申告書を出す前に試算して決めます。

Q. 売上げがほとんどなく、納める税額もない場合も申告は必要ですか？

課税事業者であっても、課税売上げがなく、かつ、納付税額がない課税期間は、確定申告書を提出する必要はないとされています。課税売上げが少しでもある場合は、この扱いに当たらないので申告が必要です。

この記事は公認会計士・税理士の鳥羽卓朗が監修しています。
最終更新日: 2026年10月24日

参考資料

• 国税庁『２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要』
• 国税庁『消費税及び地方消費税の確定申告の手引き（２割特例用）』
• 国税庁『No.6601 申告と納税』
• 国税庁『No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存』
• 国税庁『インボイス制度 令和８年度税制改正特集』
• 国税庁『インボイス制度 申請手続』