二世帯住宅の相続税はどう変わる？小規模宅地等の特例と登記の確認

親と二世帯住宅で暮らしていても、玄関や生活費が別だと相続税の特例は使えないのでしょうか。小規模宅地等の特例は、建物の区分所有登記の有無で、対象となる土地の範囲や同居の判定が変わります。土地を相続する人の条件も別に確かめます。配偶者には居住・保有の要件はありませんが、同居の親族には申告期限までの居住・保有などの要件があります。

この記事では、建物の登記の確認方法と取得する家族ごとの条件を整理し、具体的な計算例で相続税の違いを比べます。

二世帯住宅の小規模宅地等の特例は「登記」で決まる

小規模宅地等の特例（租税特別措置法69条の4）は、自宅などの土地の評価額を減らす制度です。全体の仕組みは小規模宅地等の特例｜自宅の土地が8割減になる要件と計算例で説明しています。二世帯住宅で問題になるのは、そのうち自宅の土地にあたる「特定居住用宅地等」（330㎡まで80%減）の判定です。

分かれ目は、租税特別措置法施行令40条の2第4項と第13項にある「建物の区分所有等に関する法律第1条の規定に該当する建物」かどうかです。通達は、これを次のように読むと定めています。

「建物の区分所有等に関する法律第1条の規定に該当する建物」とは、「区分所有建物である旨の登記がされている建物をいう」（措置法通達69の4-7の4）。

区分所有法1条は、構造上区分されて独立して住居などに使える部分があるときは、その各部分を所有権の目的にできると定めています。使えるかどうかではなく、実際に区分建物として登記されているかどうかで見るのが通達の読み方です。構造が分かれていても、区分所有の登記がなければ、判定上は「一棟の建物」のままです。

国税庁の「相続税及び贈与税の税制改正のあらまし」は、2014年1月1日以後に取得する財産に係る相続税について説明しています。「二世帯住宅が構造上区分された住居であっても、一定の要件を満たすものである場合には、その敷地全体について、特例の適用ができるようになりました」としています。

登記の有無で変わる2つのこと

自分の家はどちらか｜登記の有無の調べ方

登記の有無は、法務局で建物の登記事項証明書を取って確かめます。何人も、手数料を納めて登記事項証明書の交付を請求できます（不動産登記法119条1項）。区分建物の場合、登記事項には、その建物が属する一棟の建物の構造と床面積も含まれます（同法44条1項7号）。証明書にこの一棟の建物の記載があるかどうかが手がかりです。

基準は登記ですから、間取り図やパンフレットの呼び方、実際の生活が分かれているかどうかでは決まりません。「完全分離型」と呼ばれる家でも、区分所有の登記がなければ登記なしの側で判定します。

建物の名義も確かめておきます。建物が子の名義で、親がその建物を借りて住んでいた場合などは、無償で借りていたかどうかも問われます（措置法通達69の4-7(1)）。

登記がない二世帯住宅｜敷地全体が対象になる

登記がない場合、親族が住んでいた部分も「被相続人等の居住の用」に含まれます（施行令40条の2第4項）。国税庁の設例1（情報・2014年1月15日）がその例です。

設例1：被相続人甲が、自分の土地200㎡の上の一棟の建物に、配偶者乙と生計を別にする子丙と住んでいた。建物は区分所有の登記がなく、甲の単独名義。乙と丙が土地を2分の1ずつ相続し、申告期限まで所有して居住している。

国税庁の答えは、敷地全体が「被相続人等の居住の用に供されていた宅地等」になり、乙の持分に応じる100㎡も、丙の持分に応じる100㎡も特定居住用宅地等に該当する、というものです。丙は、生計が別でも、同じ一棟の建物の「親族の居住の用に供されていた部分」に住んでいた者として、同居の親族の要件を満たします。

取得する人ごとの要件（登記がない場合）

取得者ごとの要件の全体は小規模宅地等の特例の要件｜配偶者・同居の親族・家なき子の判定表にまとめています。面積は、敷地全体で特定居住用の限度である330㎡までです。

区分登記がある二世帯住宅｜対象は親の部分が中心

区分所有の登記がある場合、親族の居住部分が、被相続人の住んでいた建物の敷地として「被相続人等の居住の用」に加わることはありません（施行令40条の2第4項の括弧書き）。同居の親族として認められるのも、被相続人の居住部分に住んでいた人だけです（同第13項第1号）。国税庁の設例2がこの例です。

設例2：被相続人甲が、自分の土地200㎡の上の建物に、配偶者乙と、生計を別にする子丙と住んでいた。建物は区分所有の登記があり、甲と丙がそれぞれの専有部分を登記している。乙と丙が土地を2分の1ずつ相続し、申告期限まで居住している。

国税庁の答えは次のとおりです。

• 甲の居住部分（100㎡）だけが被相続人等の居住の用に供されていた宅地等になる。
• 乙（配偶者）は、持分に応じる50㎡が特定居住用宅地等になる。
• 丙は、甲の居住部分に住んでいた者ではなく、自分の家に住み、甲と生計も一にしていないため、同居の親族にも家なき子にも当たらない。丙が取得した100㎡は特定居住用宅地等にならない。

区分登記でも使える場合

区分登記があっても、次の場合は別に判定します。

• 配偶者が土地を取得する：取得者ごとの要件はありませんが、対象になるのは被相続人が住んでいた部分です。
• 被相続人と生計を一にしていた子が、自分の部分に住んでいた：生計を一にしていた親族の居住の用に供されていた宅地等として判定します（措置法69条の4第3項2号ハ・国税庁 No.4124）。

この場合、相続開始前から申告期限まで居住し土地を持っていれば、その親族が取得した部分が対象になり得ます。生計を一にする親族の自宅の判定は、要件の判定表の記事にまとめています。

家なき子の判定は「同居」の見方が別

家なき子の特例（措置法69条の4第3項2号ロ）は、被相続人に配偶者がいないこと、そして相続開始の直前に被相続人の居住の用の家屋に居住していた相続人がいないことを求めます。この「居住していた」の意味は、登記ではなく通達69の4-21が決めています。

通達69の4-21は、被相続人と「共に起居していたもの」をいうとしています。被相続人が一棟の建物の「構造上区分された数個の部分の各部分を独立して住居その他の用途に供することができるもの」の一つに住んでいたときは、別の扱いです。その場合は、その独立部分で共に起居していた親族をいうと定めています。

国税庁の設例3は、この違いが結論を分ける例です。

設例3：被相続人甲が、区分登記のない一棟の建物の一部に一人で住み、同じ建物の別の部分に、生計を別にする子乙が住んでいた。相続人は乙と子丙で、土地200㎡を2分の1ずつ相続し、申告期限まで所有して居住の用に供している。丙は相続開始前3年以内に自分や配偶者が所有する家屋に住んだことがない（他の要件は満たす前提）。

国税庁の答えは、乙は同居の親族として100㎡が対象になり、丙も家なき子の要件を満たせば100㎡が対象になる、というものです。乙は、甲の居住部分で甲と共に起居していたわけではないため、丙の家なき子の邪魔になる「同居の相続人」には当たらない扱いです。通達の文言からは、建物が構造上分かれていなければ、同じ建物で暮らす子は「同居」とみられ得ると読めます。

6つの組み合わせで比べる｜土地6,000万円の計算例

登記の形と土地を取得する人で、どれくらい違うかを実額で見ます。当事務所の無料の相続税シミュレーターと同じ計算で出した金額です。

前提とケースの一覧

前提（すべて例）：被相続人は父。土地は父名義の200㎡で評価額6,000万円。親が住む部分と子が住む部分は、国税庁の設例と同じく100㎡・3,000万円ずつと置きました。実際の分け方は、条文が「居住の用に供されていた部分」と定めるだけで計算式までは示していないため、事実に合わせて決めます。

土地以外の財産（預貯金・建物など）は6,000万円で、土地を取得する人は自分の法定相続分の範囲で土地を取り、残りは預貯金などで分ける置き方です。相続人は、子2人（長男・次男）か、母と子2人です。区分登記の例では、長男は自分の専有部分を所有しています。次男は別居で、自分の家を持っています。

税額の比べ方

上のケースの税額は、次のとおりです。

AとBは、土地もその他の財産も同じです。違うのは建物の登記の形だけで、納付税額の合計は349万9,900円と1,160万円で、810万100円の差になります。区分登記でも、Cのように長男が被相続人と生計を一にしていれば、長男の部分が対象になり得ます。

Fは、長男が父と生計を別にしていた前提です。長男が父と生計を一にしていれば、母が取得する長男の部分も対象になり得て、減額は変わります。

DとFを比べると、配偶者が土地を取得する場合も、登記の形で対象面積が変わり、減額が4,800万円から2,400万円になります。配偶者の税額軽減があるため、配偶者本人の税額は0円ですが、子の納付税額に影響します。

特例の対象になる面積が変わると、課税価格の合計が変わるため、相続税の総額も変わります（税額の表のDとFで250万円と570万円）。特例を使わない前提なら課税価格の合計は分け方で変わらず、相続税の総額も同じです。

土地を取得する人を変えた場合や、二次相続まで含めた合計は、相続税シミュレーターで分け方ごとに比べられます。

判定のチェックリスト｜5つの問いと見る資料

自分の家に当てはめるときは、次の順で確かめます。見る資料は例です。申告書に付ける書類（明細書・遺言書や分割協議書の写しなど）と重なるものもあります。

居住の事実は、住民票の住所だけで決まるものではありません。国税庁の質疑応答事例は、被相続人等が建物に生活の拠点を置いていたかどうかを、日常生活の状況や建物の構造・設備の状況などを総合して判定するとしています。

よくある誤り

• 玄関も階段も別だから「区分」と思う：基準は構造ではなく登記です。区分所有の登記がなければ、登記なしの側で判定します。
• 登記がなければ全部使えると思う：同居の子は、申告期限まで居住し土地を持ち続ける必要があります。別の人が取得した部分や、途中で住まなくなった部分は対象外です。面積は330㎡が上限で、ほかの宅地との合計にも制限があります。
• 区分登記だと何も使えないと思う：配偶者が取得する親の部分、親の部分に住んでいた人、親と生計を一にしていた親族の部分は、別に判定されます。
• 「同居」はどの場面でも同じと思う：同居の親族として取得する場合と、家なき子の邪魔になる同居の相続人の判定とでは、物差しが別です。
• 住民票を子の住所にしてあれば居住と思う：生活の拠点を総合して判定されます。

よくある質問

区分登記の二世帯住宅で、子が自分の専有部分の土地を相続すると特例は使えませんか

子が被相続人と生計を別にしていて、自分の家に住んでいた場合は、国税庁の設例2のとおり対象になりません。生計を一にしていた場合は、「生計を一にしていた親族の居住の用に供されていた宅地等」として別に判定されます。

登記がない二世帯住宅の敷地が330㎡を超えていたら

敷地全体が居住用になるときも、特定居住用の限度は330㎡です（措置法69条の4第2項2号）。超える部分には特例がかかりません。減額は、土地の評価額×（330㎡÷土地の面積）×80%で求めます。計算の例は小規模宅地等の特例の記事にあります。

親が老人ホームに入っていた二世帯住宅はどうなりますか

入所前の居住の用が「被相続人の居住の用」として扱われる場合があります。登記の判定に加えて、要介護認定や施設の種類などの要件が重なります。詳しくは老人ホームに入っていた親の自宅と小規模宅地等の特例で説明しています。

遺産分割が申告期限までにまとまらないと使えませんか

申告期限までに分割されていない土地には、特例を使えません。ただし、申告書に「申告期限後3年以内の分割見込書」を添付して提出しておき、申告期限から3年以内に分割されれば適用を受けられます（措置法69条の4第4項）。分割があったことを知った日の翌日から4か月以内に更正の請求を行います（相続税法32条。国税庁 No.4208 Q1）。手続きは遺産分割が済んでいない場合の相続税申告で説明しています。

まとめ

二世帯住宅の小規模宅地等の特例は、区分所有建物である旨の登記があるかどうかで、被相続人等の居住の用の範囲と、同居の親族として認められる人が変わります。登記がなければ敷地全体、区分登記があれば親の部分が中心です。例では、同じ土地・同じ財産でも、納付税額の合計が349万9,900円と1,160万円に分かれました。

判定は、登記事項証明書で登記の形を確かめ、親が住んでいた部分、同居の人、生計の関係、土地を取得する人の順に進めます。家なき子の「同居」は登記ではなく共に起居していたかで決まる点も、別に確かめます。自宅の土地の評価額そのものの出し方は土地の相続税評価額の計算｜路線価方式と倍率方式を例で解説に、実家全体の相続税は実家（自宅）の相続税はいくら？にまとめています。

登記の確認や、取得者ごとの判定、申告書の作成を任せたい場合は、相続税申告のページに、全国オンライン対応のご案内と料金を載せています。

監修

本記事は、公認会計士・税理士の鳥羽卓朗が監修しています。

参考にした法令・資料

• 租税特別措置法69条の4（第1項・第2項・第3項第2号・第4項）
• 租税特別措置法施行令40条の2（第4項・第13項）
• 租税特別措置法（相続税法の特例関係）の取扱いについて（措置法通達）69の4-7・69の4-7の4・69の4-21（国税庁）
• No.4124 相続した事業の用や居住の用の宅地等の価額の特例（小規模宅地等の特例）（国税庁）
• 相続税及び贈与税の税制改正のあらまし（平成27年1月1日施行）相続税関係4ページ（国税庁）
• 「租税特別措置法（相続税法の特例関係）の取扱いについて」の一部改正について（法令解釈通達）のあらまし（情報）設例1〜3（国税庁・2014年1月15日）
• 質疑応答事例 小規模宅地等の特例の対象となる「被相続人等の居住の用に供されていた宅地等」の判定（国税庁）
• 建物の区分所有等に関する法律1条
• 不動産登記法44条・119条

この記事は2026年10月時点の法令・通達に基づいて書いています。